Первый арест

10. марта 1919. године, без икаквих озбиљних оптужби, затворен је у затвор Бутирка, где је остао до 7. јуна. Архимандрит Иларион је толико стран духу малодушности да чак иу затвору не само да не клоне духом, већ налази и позитивне тренутке. Ако изоставимо помињање затвора, могао би се стећи утисак да су његова писма послата из дома за одмор: "Још увек добро живим; овде сам се потпуно скрасио, као да је тако. Овде сам се чак и угојио, угојио, и физички се осећам сасвим добро. Да бих повећао циркулацију, почео сам да идем на посао, на пример, мало времена за пумпање воде из једне базе. За посао додају још 1 фунту хлеба, време пролази незапажено; Веран својој „првој љубави“, архимандрит Иларион и у затвору налази прилику да прошири своја научна сазнања: „Сада су се у нашој келији окупила три професора. Држимо предавања с времена на време, похађали стенограм. Заиста мислим да је потребно рећи да ова 2 месеца. Живео сам не без користи, а још занимљивије него што сам живео ван затвора” 305. Академска библиотека је 1. јула 1919. године прешла у надлежност Народног комесаријата за просвету, али сама академија није престала да постоји, већ је наставила своју образовну делатност до марта 1923. године, када је одлуком Антирелигијске комисије при Централном комитету РКП (б.306), шефа Е.306, званично затворена. Иларион (Троицки), архимандрит. Писмо свештеника Леонида и Лидије Архангелских од 9. маја 1919. – Архив А.В. Никитски. Сафонов Д.В. Академско министарство шмч. Иларион (Троицки) и његова борба против обновитељства. П. 341.