Первый арест

На 10 март 1919 година, без никакви сериозни обвиненија, бил затворен во затворот Бутирка, каде што останал до 7 јуни. На архимандритот Иларион му е толку туѓ духот на очајот што дури и во затвор не само што не губи срце, туку наоѓа и позитивни моменти. Ако го изоставиме спомнувањето на затворот, може да се добие впечаток дека неговите писма биле испратени од дом за одмор: „Сè уште живеам добро; целосно се сместив овде, како да е така. Тука дури и се здебелив, се здебелив и физички се чувствувам многу добро. За да ја зголемам циркулацијата на крвта, почнав да одам на работа, на пример, да трошам малку вода во затворот и да трошам добро време од затворот. За работа ми додаваат уште 1 килограм леб, времето минува незабележано. Верен на својата „прва љубов“, архимандритот Иларион уште во затвор наоѓа можност да го прошири своето научно знаење: „Сега во нашата ќелија се собраа тројца професори. Одвреме-навреме држиме предавања, земавме стенографија. Навистина мислам дека е неопходно да се каже дека овие 2 месеци. Живеев не без корист, а уште поинтересно отколку што живеев надвор од затвор“ 305. На 1 јули 1919 година, академската библиотека потпадна под јурисдикција на Народниот комесаријат за образование, но самата академија не престана да постои, туку ги продолжи своите образовни активности до март 1923 година, кога беше официјално затворена со одлука на антирелигиозната комисија под Централниот комитет на РКП (б), на чело со Е. Иларион (Троицки), архимандрит. Писмо од свештеникот Леонид и Лидија Архангелски од 9 мај 1919 година. – Архив на А.В. Никитски. Сафонов Д.В. Академско министерство за шмч. Иларион (Троицки) и неговата борба против реновацијата. Стр. 341.