Postawiony przed paszą Tirnavos, niedaleko Larisy w Tesalii, odważnie opowiedział mu historię swojego życia, ponownie wyznał imię Chrystusa i zasypał Turków obelgami. Następnie nago prowadzono go przez miasto na osiołku z głową okrytą owczą skórą, lecz ten haniebny widok stał się dla niego pochodem triumfalnym. Następnie święty męczennik został skazany na odcięcie kończyn. Przywitawszy z radością wyrok, sam włożył nogę pod topór kata, dodając mu otuchy, ten zaś, przestraszony determinacją świętego, wahał się przed przystąpieniem do egzekucji. Kierując się całą duszą do Boga, św. Gedeon nie odezwał się ani słowem, nie wydał nawet jednego jęku, gdy odcięto mu ręce i nogi.
O zachodzie słońca, gdy męczennik jeszcze żył, władca nakazał czterem chrześcijanom, aby go zabrali i wrzucili do szamba, gdzie zmarł 30 grudnia 1818 roku.
Następnego dnia, kupiwszy ciało świętego, chrześcijanie pospieszyli, aby zapewnić mu godny pochówek. Liczni ludzie, którzy zebrali się, aby uczcić pamięć św. Gedeona, widzieli, jak przez dwie godziny z rzędu z okaleczonego ciała męczennika wypływała świeża krew, co dokonało wielu cudów. W 1837 roku, po wielu cudownych objawieniach świętego, klasztor w Karakalach nabył większość jego cudownych relikwii.