Δικασμένος ενώπιον του Πασά του Τυρνάβου, κοντά στη Λάρισα της Θεσσαλίας, του διηγήθηκε άφοβα την ιστορία της ζωής του, ομολόγησε ξανά το όνομα του Χριστού και πλημμύρισε τους Τούρκους. Στη συνέχεια, γυμνός, μεταφέρθηκε στην πόλη πάνω σε ένα γαϊδουράκι με το κεφάλι του καλυμμένο με δέρμα προβάτου, αλλά αυτό το επαίσχυντο θέαμα έγινε γι' αυτόν μια θριαμβευτική πομπή. Μετά από αυτό καταδικάστηκε ο άγιος μάρτυρας σε αποκοπή των μελών του. Έχοντας χαιρετίσει με χαρά την ετυμηγορία, έβαλε ο ίδιος το πόδι του κάτω από το τσεκούρι του δήμιου, ενθαρρύνοντάς τον, ενώ ο τελευταίος, φοβισμένος από την αποφασιστικότητα του αγίου, δίστασε να ξεκινήσει την εκτέλεση. Κατευθύνοντας τον εαυτό του στον Θεό με όλη του την ψυχή, ο Άγιος Γεδεών δεν πρόφερε λέξη και δεν έβγαλε ούτε ένα βογγητό όταν του έκοψαν τα χέρια και τα πόδια.
Κατά τη δύση του ηλίου, όταν ο μάρτυρας ζούσε ακόμη, ο ηγεμόνας διέταξε τέσσερις χριστιανούς να τον πάρουν και να τον ρίξουν σε έναν βόθρο, όπου πέθανε στις 30 Δεκεμβρίου 1818.
Την επόμενη μέρα, αφού αγόρασαν το σώμα του αγίου, οι Χριστιανοί έσπευσαν να του κάνουν άξια ταφή. Πλήθος κόσμου που συνέρρευσε για να τιμήσει τη μνήμη του Αγίου Γεδεών είδε πόσο φρέσκο αίμα έτρεχε από το ακρωτηριασμένο σώμα του μάρτυρα για δύο συνεχόμενες ώρες, το οποίο έκανε πολλά θαύματα. Το 1837, μετά από πολλές θαυματουργές εμφανίσεις του αγίου, η μονή Καρακάλ απέκτησε τα περισσότερα από τα θαυματουργά λείψανά του.