Llevado a juicio ante el Pasha de Tirnavos, cerca de Larissa en Tesalia, le contó sin miedo la historia de su vida, confesó nuevamente el nombre de Cristo y colmó de insultos a los turcos. Luego, desnudo, fue llevado por la ciudad en un asno con la cabeza cubierta con piel de oveja, pero este vergonzoso espectáculo se convirtió para él en una procesión triunfal. Después de esto, el santo mártir fue condenado a que le cortaran los miembros. Habiendo recibido con alegría el veredicto, él mismo puso su pie bajo el hacha del verdugo, animándolo, mientras éste, asustado por la determinación del santo, dudaba en comenzar la ejecución. Dirigiéndose a Dios con toda su alma, San Gedeón no pronunció una palabra y ni siquiera emitió un solo gemido cuando le cortaron los brazos y las piernas.
Al atardecer, cuando el mártir aún estaba vivo, el gobernante ordenó a cuatro cristianos que lo tomaran y lo arrojaran a un pozo negro, donde murió el 30 de diciembre de 1818.
Al día siguiente, después de comprar el cuerpo del santo, los cristianos se apresuraron a darle un entierro digno. Un gran número de personas que se reunieron para honrar la memoria de San Gedeón vieron cómo del cuerpo mutilado del mártir manaba sangre fresca durante dos horas seguidas, lo que obró numerosos milagros. En 1837, después de muchas apariciones milagrosas del santo, el monasterio de Caracal adquirió la mayoría de sus reliquias milagrosas.