Als er vor den Pascha von Tirnavos in der Nähe von Larissa in Thessalien gestellt wurde, erzählte er ihm furchtlos die Geschichte seines Lebens, bekannte erneut den Namen Christi und überschüttete die Türken mit Beschimpfungen. Dann wurde er nackt auf einem Esel mit mit Schaffell bedecktem Kopf durch die Stadt getragen, doch dieses schändliche Schauspiel wurde für ihn zu einem Triumphzug. Danach wurde der heilige Märtyrer zum Abschneiden seiner Gliedmaßen verurteilt. Nachdem er das Urteil mit Freude begrüßt hatte, stellte er selbst seinen Fuß unter die Axt des Henkers und ermutigte ihn, während dieser, erschrocken über die Entschlossenheit des Heiligen, zögerte, mit der Hinrichtung zu beginnen. Der heilige Gideon wandte sich mit ganzer Seele an Gott und sagte kein Wort und stieß nicht einmal ein einziges Stöhnen aus, als ihm Arme und Beine abgeschnitten wurden.
Bei Sonnenuntergang, als der Märtyrer noch lebte, befahl der Herrscher vier Christen, ihn zu fangen und in eine Jauchegrube zu werfen, wo er am 30. Dezember 1818 starb.
Am nächsten Tag, nachdem sie den Leichnam des Heiligen gekauft hatten, beeilten sich die Christen, ihn würdig zu beerdigen. Eine große Anzahl von Menschen, die sich zum Gedenken an den Heiligen Gideon versammelten, sahen, wie zwei Stunden hintereinander frisches Blut aus dem verstümmelten Körper des Märtyrers floss, was viele Wunder bewirkte. Im Jahr 1837, nach vielen wundersamen Erscheinungen des Heiligen, erwarb das Caracal-Kloster die meisten seiner wundersamen Reliquien.