Изправен на съд пред пашата от Тирнавос, близо до Лариса в Тесалия, той безстрашно му разказал историята на живота си, отново изповядал името на Христос и обсипал турците с хули. Тогава той, гол, беше пренесен през града на магаре с глава, покрита с овча кожа, но това срамно зрелище се превърна за него в триумфално шествие. След това светият мъченик бил осъден на отсичане на крайниците. Приветствайки присъдата с радост, той сам постави крака си под брадвата на палача, насърчавайки го, докато последният, уплашен от решимостта на светеца, се поколеба да започне екзекуцията. Отправяйки се към Бога с цялата си душа, свети Гедеон не проронил нито дума и дори не издал нито един стон, когато ръцете и краката му били отсечени.
При залез слънце, когато мъченикът бил още жив, владетелят заповядал на четирима християни да го вземат и да го хвърлят в помийна яма, където той починал на 30 декември 1818 г.
На следващия ден, след като купиха тялото на светеца, християните побързаха да го погребат достойно. Голям брой хора, които се събраха да почетат паметта на свети Гедеон, видяха как два часа подред от осакатеното тяло на мъченика тече свежа кръв, която извършва много чудеса. През 1837 г., след много чудотворни явления на светеца, манастирът Каракал се сдобива с повечето от неговите чудотворни мощи.