I sjellë në gjyq para Pashait të Tirnavos, afër Larisës në Thesalinë, ai i tregoi pa frikë historinë e jetës së tij, rrëfeu përsëri emrin e Krishtit dhe i derdhi turqit me sharje. Më pas ai, lakuriq, u çua nëpër qytet mbi një gomar me kokën të mbuluar me lëkurë deleje, por ky spektakël i turpshëm u bë për të një procesion triumfal. Pas kësaj dëshmori i shenjtë u dënua me prerjen e gjymtyrëve. Pasi e përshëndeti vendimin me gëzim, ai vetë vuri këmbën nën sëpatën e xhelatit, duke e inkurajuar atë, ndërsa ky i fundit, i frikësuar nga vendosmëria e shenjtorit, hezitoi të fillonte ekzekutimin. Duke iu drejtuar Zotit me gjithë shpirt, Shën Gideoni nuk shqiptoi asnjë fjalë dhe as edhe një rënkim kur iu prenë krahët dhe këmbët.
Në perëndim të diellit, kur martiri ishte ende gjallë, sundimtari urdhëroi katër të krishterë që ta merrnin dhe ta hidhnin në një gropë, ku vdiq më 30 dhjetor 1818.
Të nesërmen, pasi blenë trupin e shenjtorit, të krishterët nxituan ta varrosnin denjësisht. Një numër i madh njerëzish që u mblodhën për të nderuar kujtimin e Shën Gideonit panë se si gjak i freskët rridhte nga trupi i gjymtuar i dëshmorit për dy orë rresht, i cili bëri shumë mrekulli. Në 1837, pas shumë shfaqjeve të mrekullueshme të shenjtorit, manastiri i Karakalit fitoi shumicën e relikteve të tij të mrekullueshme.