Traduit en justice devant le pacha de Tirnavos, près de Larissa en Thessalie, il lui raconta sans crainte l'histoire de sa vie, confessa de nouveau le nom du Christ et combla les Turcs d'injures. Puis, nu, il fut transporté à travers la ville sur un âne, la tête recouverte d'une peau de mouton, mais ce spectacle honteux devint pour lui une procession triomphale. Après cela, le saint martyr fut condamné à avoir les membres coupés. Ayant accueilli le verdict avec joie, il mit lui-même le pied sous la hache du bourreau, l'encourageant, tandis que celui-ci, effrayé par la détermination du saint, hésitait à commencer l'exécution. S'adressant à Dieu de toute son âme, saint Gédéon n'a pas prononcé un mot et n'a même pas poussé un seul gémissement lorsque ses bras et ses jambes ont été coupés.
Au coucher du soleil, alors que le martyr était encore en vie, le souverain ordonna à quatre chrétiens de l'emmener et de le jeter dans un puisard, où il mourut le 30 décembre 1818.
Le lendemain, après avoir acheté le corps du saint, les chrétiens s’empressèrent de lui offrir un enterrement digne. Un grand nombre de personnes rassemblées pour honorer la mémoire de saint Gédéon ont vu du sang frais couler du corps mutilé du martyr pendant deux heures d'affilée, ce qui a accompli de nombreux miracles. En 1837, après de nombreuses apparitions miraculeuses du saint, le monastère de Caracal acquiert la plupart de ses reliques miraculeuses.