В 1950 году Арсений стал послушником благодатного духовника – отца Кирилла, впоследствии игумена монастыря Кутлумуш († 1968). Некоторое время спустя отец Кирилл направил послушника в монастырь Есфигмен, где в 1954 году Арсений принял рясофор с именем Аверкий. Новоначальный монах безропотно и с радостью нес любые послушания, а выполнив свои, помогал и другим братиям закончить их работу. Аверкий постоянно молился, стараясь, чтобы этого не заметили окружающие. В том же году по совету духовного отца он перешел в обитель Филофей, стал учеником отца Симеона, известного своей добродетелью. Через два года отец Симеон постриг отца Аверкия в малую схиму с именем Паисий – в честь митрополита Кесарийского Паисия II, который также был уроженцем Фарасы Каппадокийской. На новом месте отец Паисий вел прежнюю жизнь: подвизался по любочестию и помогал, сколько мог, братии.
Отец Паисий подвизался в монастыре Стомион в Конице, где кормил с рук диких медведей, три года провел уединенно в пустыне святой горы Синай (в пещере святой Епистимии), только по воскресеньям спускаясь в монастырь святой Екатерины, большую же часть жизни пребывал в каливе на Святой Горе Афон. Он проводил жизнь в безвестности, всецело вручив себя Богу, Который явил и отдал его людям. Многие и многие приходили к Старцу и находили руководство и утешение, исцеление и покой своим измученным душам. Божественная любовь преизливалась из освященной души Старца, сияние Божественной благодати исходило от его преподобнического облика. Целыми днями без устали старец Паисий Святогорец забирал у людей их боль, расточая вокруг себя божественное утешение.
29 июня / 12 июля 1994 года после поистине мученических страданий, которые, по словам самого Старца, доставили ему пользу большую, чем подвижническое делание всей жизни, он почил о Господе. Местом его блаженной кончины стал Свято-Иоанно-Богословский женский монастырь (основан самим Старцем), расположенный близ селения Суроти, неподалеку от Салоник, в Греции. Старец Паисий погребен слева от алтаря монастырского храма преподобного Арсения Каппадокийского, который крестил его в детстве.