В 1950 Арсеній став послушником благодатного духовника - отця Кирила, згодом ігумена монастиря Кутлумуш († 1968). Через деякий час отець Кирило направив послушника в монастир Есфігмен, де в 1954 Арсеній прийняв рясофор з ім'ям Аверкій. Початковий монах покірно і з радістю ніс будь-які послухи, а виконавши свої, допомагав і іншим братам закінчити їхню роботу. Аверкій постійно молився, намагаючись, щоб цього не помітили оточуючі. У тому ж році за порадою духовного отця він перейшов до обителі Філофей, став учнем отця Симеона, відомого своєю чеснотою. Через два роки отець Симеон постриг отця Аверкія в малу схиму з ім'ям Паїсій – на честь митрополита Кесарійського Паїсія II, який також був уродженцем Фараси Каппадокійської. На новому місці отець Паїсій вів колишнє життя: трудився за люб'язністю і допомагав, скільки міг, братії.
Отець Паїсій подвизався в монастирі Стоміон у Кониці, де годував з рук диких ведмедів, три роки провів самотньо в пустелі святої гори Сінай (у печері святої Єпистимії), тільки в неділю спускаючись у монастир святої Катерини, більшу ж частину життя перебував у Каливі. Він проводив життя безвісно, повністю вручивши себе Богу, Який явив і віддав його людям. Багато хто і багато хто приходив до Старця і знаходив керівництво і втіху, зцілення і спокій своїм змученим душам. Божественна любов зневажалася з освяченої душі Старця, сяйво Божественної благодаті походило від його преподобницького образу. Цілими днями невтомно старець Паїсій Святогорець забирав у людей їхній біль, витрачаючи навколо себе божественну втіху.
29 червня / 12 липня 1994 року після воістину мученицьких страждань, які, за словами самого Старця, принесли йому велику користь, ніж подвижницьке діяння всього життя, він спочив про Господа. Місцем його блаженної кончини став Свято-Іоанно-Богословський жіночий монастир (заснований самим Старцем), розташований поблизу селища Суроті, неподалік Салонік, у Греції. Старець Паїсій похований ліворуч від вівтаря монастирського храму преподобного Арсенія Каппадокійського, який хрестив його у дитинстві.