Во 1950 година, Арсениј стана послушник на благодатниот исповедник - отец Кирил, подоцна игумен на манастирот Кутлумуш († 1968 година). Некое време подоцна, отец Кирил го испрати послушникот во Есфигменскиот манастир, каде во 1954 година Арсениј го прифати ријасофорот со името Аверкиј. Монахот почетник резигнирано и радосно го извршувал секое послушание, а откако го завршил своето, им помогнал на другите браќа да си ја завршат работата. Аверкиј постојано се молеше, обидувајќи се да не забележат оние околу него. Истата година, по совет на својот духовен отец, се преселил во манастирот Филотеј и станал ученик на отец Симеон, познат по својата добродетел. Две години подоцна, отец Симеон го уверил отец Аверкиј во малата шема со името Пајсиј - во чест на митрополитот Пајсиј II Кесариски, кој исто така бил родум од Фараса Кападокија. На новото место отец Пајсиј го водеше својот поранешен живот: се трудеше од љубопитност и им помагаше на браќата колку што можеше.
Отец Пајсиј се подвизуваше во манастирот Стомион во Коница, каде што ги хранеше дивите мечки од своите раце, помина три години во осаменост во пустината на Светата Гора Синај (во пештерата Света Епистимија), само во недела слегуваше во манастирот Света Катерина, а поголемиот дел од својот живот го поминуваше во Холива. Својот живот го поминал во нејасност, целосно предавајќи се на Бога, кој го открил и им го дал на луѓето. Многу, многу доаѓале кај Старецот и нашле водство и утеха, исцеление и мир за своите напатени души. Божествената љубов се излеа од осветената душа на Старецот, сјајот на Божествената благодат произлезе од неговото пречесно појавување. Со денови старец Пајсиј Свјатогореци неуморно ја одземаше нивната болка од луѓето, расфрлајќи ја божествената утеха околу себе.
На 29 јуни/12 јули 1994 година, по вистинско мачеништво, кое, според самиот Старец, му донело поголема корист од подвижничкото дело на целиот свој живот, се упокои во Господа. Местото на неговата блажена смрт беше манастирот „Свети Јован Богослов“ (основано од самиот Старец), кој се наоѓа во близина на селото Суроти, недалеку од Солун, во Грција. Старецот Пајсиј е погребан лево од олтарот на манастирската црква Свети Арсениј Кападокиски, кој го крстил во детството.