Pasi kaloi një vit në Skiropoul, murgu Nikodemi u kthye në Athos, mori betimet monastike në skemën e madhe dhe u vendos në qelinë e Shën Theonës në Kapsala. Ai pranoi të merrte një student, Hierotheus, dhe me zell edhe më të madh iu përkushtua punës me libra dhe udhëzimit të vëllezërve që u vendosën rreth tij për t'u bashkuar me urtësinë e tij.
Së shpejti Shën Macarius i Korintit erdhi përsëri në Athos. Ai e udhëzoi Shën Nikodemi të përgatiste një përkthim të koleksionit të plotë të veprave të Shën Simeon Teologut të Ri. Në hyrjen e këtij libri, i cili përmbante udhëzime të thella mbi soditjen, Shën Nikodemi sqaron se shkrime të tilla nuk janë të destinuara vetëm për murgjit, por edhe për laikët, sepse të gjithë të krishterët janë thirrur në përsosmërinë ungjillore. Pastaj murgu Nikodemi përpiloi "Exomologitarium", domethënë "Udhëzuesin e Rrëfimit" dhe një koleksion unik kanunesh për Nënën e Zotit për çdo zë dhe për çdo ditë të javës për të kënduar në fund të Mbrëmjes ose në Compline në manastire.
Përveç shumë teksteve të tjera liturgjike, ai botoi dy vepra në atë kohë, të cilat ishin versione të përshtatura të dy veprave të famshme shpirtërore perëndimore: Lufta e padukshme e Lorenzo Scupoli (1589) dhe Ushtrimet shpirtërore, të cilat kanë vazhduar të kenë sukses të vazhdueshëm. Këta libra nuk janë aspak përkthime të thjeshta; ato u rishikuan thellë nga asketi i shenjtë, i cili i plotësoi me udhëzime të patëmetë për pendimin, asketizmin dhe lutjen e Jezusit.
Ndërkohë, "Libri më i dobishëm i Kungimit të Vazhdueshëm" ngjalli refuzim të mprehtë midis murgjve, të cilët mbronin zakonin e pranimit të kungimit vetëm tre ose katër herë në vit, gjë që bie ndesh me kanonet e shenjta dhe traditën apostolike. Libri u akuzua për një herezi të sapo shpikur dhe u dënua nga Patriarku Prokopi. Por kur Neofiti VII mori fronin patriarkal (1789), ndalimi u hoq dhe Kolivadët u njohën si mbrojtësit e vërtetë të Traditës së shenjtë. Megjithatë, në disa qarqe monastike vazhduan të përhapen shpifje të rënda dhe absurde kundër Shën Nikodimit. Ai madje u akuzua se gjoja kishte fshehur Dhuratat e Shenjta në skufa e tij, në mënyrë që të merrte kungimin në lëvizje. Por shenjtori preferoi të heshtë, duke pritur justifikimin vetëm nga Zoti dhe me lot u lut për kthimin e atyre që ishin në gabim në përkujtimin e të vdekurve të dielave.
Hieromonku Agapius i Peloponezit erdhi në Athos dhe e ftoi Shën Nikodemi të rishikonte dhe përkthente koleksionin e kanuneve të shenjta që ai kishte përgatitur, duke zgjeruar komentet për të. Shenjtori, për të cilin jeta dhe rendi në kishë ishin më të vlefshme se jeta e tij, iu vu punës me zell. Ai madje mori katër skribë për të përfunduar shpejt këtë koleksion të nevojshëm, të cilin e quajti "Timonieri" ("Pidalion"). Për më shumë se dy vjet, Murgu Nikodemi punoi ditë e natë, duke mbledhur, krahasuar, korrigjuar tekste të gabuara ose kontradiktore, duke përmendur paralele nga dekretet e Këshillave Ekumenike, Etërit e Kishës dhe legjislacioni civil bizantin, duke pasuruar veprën me një numër të madh shënimesh që jepnin kritere të sakta për zbatimin e këtyre kanaçeve. Koleksioni i përfunduar u dërgua në Kostandinopojë, por atij iu desh të priste një kohë të gjatë për bekimin e patriarkut. Pastaj të gjithë murgjit athonitë u pajtuan në këtë libër, duke transferuar fonde. Më pas koleksioni iu dorëzua për botim Hieromonkut Theodoret, i cili ndodhej në Rumani.
Por ai ishte kundërshtar i përplasjeve dhe kungimit të shpeshtë dhe, sipas gjykimit të tij, futi korrigjime në "Pidalion", duke shtrembëruar qëllimin e autorit dhe traditën e kishës. Libri u botua në Lajpcig në vitin 1800. Kur ra në duart e murgut Nikodemus, ai u ofendua thellë dhe thirri: "Do të ishte më mirë të më godiste me një shpatë mu në zemër sesa të shtonte ose të shkurtonte ndonjë gjë në këtë libër!"
Në të njëjtën kohë, shën Nikodemi arriti lajmi se dorëshkrimi i koleksionit të plotë të veprave të Shën Gregori Palamas (14 nëntor), i mbledhur dhe i shënuar me shumë vështirësi prej tij me kërkesë të Shën Athanasius të Parisë (24 qershor) dhe Mitropolitit Leo të Iliopolis, u kap dhe u shkatërrua në një shtypshkronjë në Vienne. Kjo ndodhi sepse austriakët kërkonin “Manifestin” e Rigas Fereos, i cili u bënte thirrje grekëve të rebeloheshin kundër turqve. Ky lajm e goditi Shën Nikodemi dhe ai derdhi rrëke lotësh, duke u penduar jo aq për humbjen e pariparueshme të kohës së kushtuar për këtë vepër, por për humbjen e një thesari të tillë.
Pas kësaj, murgu Nikodemi, së bashku me Silvesterin e Cezaresë, kaluan disa kohë në qelinë e Shën Vasilit, ku dikur jetonte Shën Teofili Mirropërroi (8 korrik), dhe pastaj përsëri filloi të jetonte në vetmi dhe vazhdoi punën e tij apostolike. I veshur me lecka dhe i veshur me këpucë të vrazhda, ai e konsideronte veten të fundit nga të gjithë. Ai kurrë nuk përgatiti ndonjë ushqim për vete dhe hante vetëm oriz të zier ose mjaltë të holluar me ujë, disa ullinj dhe pak fasule të njomura. Nëse uria e mundonte shumë murgun Nikodemi, ai vinte te fqinjët e tij dhe hante me ta, por zakonisht merrej menjëherë në bisedë dhe harronte ushqimin. Ai u pa i zënë vetëm me dy gjëra: lutjen dhe veprat shkencore. Në çdo orë të ditës ose të natës ai mund të gjendej ose i përkulur mbi një libër ose mbi vegla për të shkruar, ose me kokën e ulur në gjoks, duke e çuar mendjen në thellësi të zemrës së tij, që andej me zell për të thirrur emrin e shenjtë të Jezusit.
Ai u bë plotësisht i lutur dhe ishte falë këtij uniteti intim me Krishtin që hiri hyjnor vendosi në zemrën e tij gjithë thesarin e Kishës. Kur Murgu Nikodemi shkroi, ai u zhyt plotësisht në punën e tij. Një ditë i erdhi një murg dhe, duke e gjetur në punë, i futi në gojë një copë bukë të freskët. Në mbrëmje ai hyri përsëri dhe pa murgun Nikodim në të njëjtin pozicion, me një copë bukë në gojë, sikur të mos kishte vënë re asgjë.
Në këtë kohë, murgu Nikodemi shkroi një koment të gjerë mbi Letrat e Apostullit Pal, bazuar në interpretimin e të Bekuarit Teofilaktit të Bullgarisë, duke shtuar edhe një koment për letrat koncilitare. Ai shkroi gjithashtu një interpretim të nëntë këngëve biblike, të titulluar "Kopshti i Hirit" dhe përktheu "Interpretimi i Psalterit" nga Evfimy Zigavin. Si në të gjitha veprat e tij të tjera, edhe në këto shkrime murgu Nikodemi nuk u kufizua aspak në një përkthim të thjeshtë. Duke marrë për bazë dhe udhërrëfyes një nga komentet e pranuara nga Kisha, ai e plotësoi atë me shënimet e tij të gjera, duke e ngopur me dëshmitë e etërve të tjerë të Kishës për shumë çështje të ndryshme.
Si një burim i pashtershëm, ai botoi jetë të zgjedhura të shenjtorëve të lashtë ("Eklogion Neon" - "Izbornik i Ri"), dhe "Martirologjia e Re" - një përmbledhje e jetës së martirëve të rinj për të mbështetur besimin e të krishterëve të shtypur nga zgjedha osmane. Falë këtij koleksioni, shumë apostatë u konvertuan dhe iu bashkuan ushtrisë së lavdishme të martirëve. Murgu Nikodemi kujdesej vazhdimisht për edukimin e popullit të Zotit dhe botoi një ese me titull "Morali i mirë i krishterë" - një ekspoze e jashtëzakonshme e udhëzimeve morale të Shën Gjon Gojartit.
Çdo ditë, shumë nga ata që u plagosën nga mëkati apo braktisja, duke anashkaluar peshkopët dhe rrëfimtarët, dynden tek asketi Kapsal për të gjetur shërim shpirtëror dhe ngushëllim. Jo vetëm murgjit, por edhe laikët erdhën te Shën Nikodemi nga larg. Shenjtori shpejt filloi të ankohej se nuk mund të kënaqej me lutjen që dëshironte dhe përsëri donte të tërhiqej në një vend të shkretë të panjohur për askënd. Megjithatë, sëmundja e pengoi atë të realizonte këtë qëllim.