Nachdem er ein Jahr auf Skiropoul verbracht hatte, kehrte der Mönch Nikodemus nach Athos zurück, legte die Mönchsgelübde im großen Schema ab und ließ sich in der Zelle der Heiligen Theona in Kapsala nieder. Er stimmte zu, einen Schüler, Hierotheus, aufzunehmen, und widmete sich mit noch größerem Eifer der Arbeit an Büchern und der Unterweisung der Brüder, die sich um ihn herum niederließen, um an seiner Weisheit teilhaben zu können.
Bald kam der heilige Makarius von Korinth wieder nach Athos. Er beauftragte den Heiligen Nikodemus, eine Übersetzung der gesamten Werksammlung des Heiligen Simeon, des neuen Theologen, anzufertigen. In der Einleitung zu diesem Buch, das tiefgreifende Anweisungen zur Kontemplation enthielt, stellt der heilige Nikodemus klar, dass solche Schriften nicht nur für Mönche, sondern auch für Laien gedacht sind, denn alle Christen sind zur evangelischen Vollkommenheit berufen. Dann stellte der Mönch Nikodemus das „Exomologitarium“, also den „Leitfaden zur Beichte“, zusammen und eine einzigartige Sammlung von Kanons an die Muttergottes für jede Stimme und für jeden Wochentag zum Singen am Ende der Vesper oder bei der Komplet in Klöstern.
Neben vielen anderen liturgischen Texten veröffentlichte er damals zwei Werke, die Adaptionen zweier berühmter westlicher geistlicher Werke waren: Lorenzo Scupolis Unsichtbarer Krieg (1589) und Geistliche Übungen, die sich weiterhin eines anhaltenden Erfolgs erfreuten. Bei diesen Büchern handelt es sich keineswegs um einfache Übersetzungen; Sie wurden vom heiligen Asketen gründlich überarbeitet und durch einwandfreie Anweisungen zur Reue, Askese und dem Jesusgebet ergänzt.
Unterdessen stieß das „Hilfreichste Buch der kontinuierlichen Kommunion“ auf scharfe Ablehnung bei den Mönchen, die den Brauch verteidigten, nur drei- oder viermal im Jahr die Kommunion zu empfangen, was im Widerspruch zu den heiligen Kanonen und der apostolischen Tradition steht. Dem Buch wurde eine neu erfundene Häresie vorgeworfen und vom Patriarchen Prokop verurteilt. Doch als Neophyt VII. den patriarchalen Thron bestieg (1789), wurde das Verbot aufgehoben und die Kollyvads wurden als die wahren Verteidiger der heiligen Tradition anerkannt. Dennoch verbreiteten sich in einigen Klosterkreisen weiterhin grobe und absurde Verleumdungen gegen den heiligen Nikodemus. Ihm wurde sogar vorgeworfen, er habe angeblich die Heiligen Gaben in seiner Skufa versteckt, um unterwegs die Kommunion empfangen zu können. Aber der Heilige schwieg lieber und wartete nur auf die Rechtfertigung von Gott, und unter Tränen betete er für die Bekehrung derer, die sich in Bezug auf das Gedenken an die Toten am Sonntag geirrt hatten.
Hieromonk Agapius vom Peloponnes kam nach Athos und lud den heiligen Nikodemus ein, die von ihm vorbereitete Sammlung heiliger Kanones zu überprüfen und zu übersetzen und die Kommentare dazu zu erweitern. Der Heilige, für den das Leben und die Ordnung in der Kirche wertvoller waren als sein eigenes Leben, machte sich mit Eifer an die Arbeit. Er brauchte sogar vier Schreiber, um diese notwendige Sammlung, die er „Der Steuermann“ („Pidalion“) nannte, schnell fertigzustellen. Mehr als zwei Jahre lang arbeitete der Mönch Nikodemus Tag und Nacht daran, fehlerhafte oder widersprüchliche Texte zu sammeln, zu vergleichen, zu korrigieren, Parallelen zu den Dekreten der Ökumenischen Konzile, den Kirchenvätern und der byzantinischen Zivilgesetzgebung anzuführen und die Arbeit mit einer Vielzahl von Notizen zu bereichern, die genaue Kriterien für die Anwendung dieser Kanones im Leben der Kirche lieferten. Die fertige Sammlung wurde nach Konstantinopel geschickt, doch auf den Segen des Patriarchen musste er lange warten. Dann abonnierten alle athonitischen Mönche dieses Buch und überwiesen Geld. Anschließend wurde die Sammlung dem in Rumänien weilenden Hieromonk Theodoret zur Veröffentlichung übergeben.
Aber er war ein Gegner von Kollivaden und häufiger Kommunion und nahm nach eigenem Ermessen Korrekturen am „Pidalion“ vor, wodurch die Absicht des Autors und die kirchliche Tradition verfälscht wurden. Das Buch wurde 1800 in Leipzig veröffentlicht. Als es dem Mönch Nikodemus in die Hände fiel, war er zutiefst beleidigt und rief aus: „Es wäre besser, wenn er mich mit dem Schwert direkt ins Herz treffen würde, als irgendetwas in diesem Buch hinzuzufügen oder zu kürzen!“
Gleichzeitig erreichte den heiligen Nikodemus die Nachricht, dass das Manuskript der vollständigen Werksammlung des heiligen Gregor Palamas (14. November), das er auf Wunsch des heiligen Athanasius von Paria (24. Juni) und des Metropoliten Leo von Iliopolis mit großer Mühe gesammelt und kommentiert hatte, in einer Wiener Druckerei beschlagnahmt und vernichtet wurde. Dies geschah, weil die Österreicher nach dem „Manifest“ des Rigas Fereos suchten, das die Griechen zum Aufstand gegen die Türken aufrief. Diese Nachricht traf den heiligen Nikodemus und er vergoss Tränen in Tränen. Er bedauerte nicht so sehr den irreparablen Zeitverlust, den er für diese Arbeit aufgewendet hatte, sondern vielmehr den Verlust eines solchen Schatzes.
Danach verbrachte der Mönch Nikodemus zusammen mit Sylvester von Cäsarea einige Zeit in der Zelle des Heiligen Basilius, wo einst der Heilige Theophilus der Myrrhenströmende lebte (8. Juli), und begann dann wieder in Einsamkeit zu leben und setzte seine apostolische Arbeit fort. Er war in Lumpen gekleidet und trug grobe Schuhe. Er hielt sich für den Letzten von allen. Er bereitete nie etwas zu essen zu und aß nur gekochten Reis oder mit Wasser verdünnten Honig, ein paar Oliven und ein paar eingeweichte Bohnen. Wenn der Hunger den Mönch Nikodemus zu sehr quälte, kam er zu seinen Nachbarn und aß mit ihnen, aber normalerweise ließ er sich sofort in Gespräche verwickeln und vergaß das Essen. Man sah, dass er nur mit zwei Dingen beschäftigt war: Gebet und wissenschaftlicher Arbeit. Zu jeder Tages- und Nachtzeit konnte man ihn finden, entweder über ein Buch oder ein Schreibgerät gebeugt oder den Kopf auf die Brust gesenkt, während er seinen Geist in die Tiefen seines Herzens senkte, um von dort aus mit Eifer den heiligen Namen Jesu anzurufen.
Er wurde völlig betend, und dank dieser innigen Einheit mit Christus legte die göttliche Gnade den gesamten Schatz der Kirche in sein Herz. Als der Mönch Nikodemus schrieb, vertiefte er sich völlig in seine Arbeit. Eines Tages kam ein gewisser Mönch zu ihm und steckte ihm ein Stück frisches Brot in den Mund, als er ihn bei der Arbeit antraf. Am Abend kam er wieder herein und sah den Mönch Nikodemus in derselben Position, mit einem Stück Brot im Mund, als hätte er nichts bemerkt.
Zu dieser Zeit verfasste der Mönch Nikodemus einen ausführlichen Kommentar zu den Briefen des Apostels Paulus, basierend auf der Interpretation des seligen Theophylakt von Bulgarien, und fügte auch einen Kommentar zu den Konzilsbriefen hinzu. Er schrieb auch eine Interpretation von neun biblischen Liedern mit dem Titel „Der Garten der Gnade“ und übersetzte „Interpretation des Psalters“ von Evfimy Zigavin. Wie in allen seinen anderen Werken beschränkte sich der Mönch Nikodemus auch in diesen Schriften keineswegs auf einfache Übersetzungen. Er nahm einen der von der Kirche akzeptierten Kommentare als Grundlage und Leitfaden, ergänzte ihn durch seine ausführlichen Notizen und sättigte ihn mit den Zeugnissen anderer Kirchenväter zu vielen verschiedenen Themen.
Als unerschöpfliche Quelle veröffentlichte er ausgewählte Leben antiker Heiliger („Neon Eclogion“ – „New Izbornik“) und „New Martyrology“ – eine Sammlung der Leben neuer Märtyrer, um den Glauben der vom osmanischen Joch unterdrückten Christen zu unterstützen. Dank dieser Sammlung wurden viele Abtrünnige bekehrt und schlossen sich der glorreichen Armee der Märtyrer an. Der Mönch Nikodemus kümmerte sich ständig um die Bildung des Volkes Gottes und veröffentlichte einen Aufsatz mit dem Titel „Christliche gute Moral“ – eine bemerkenswerte Darstellung der moralischen Anweisungen des heiligen Johannes Chrysostomus.
Jeden Tag strömten viele derjenigen, die durch Sünde oder Abfall vom Glauben verwundet wurden, unter Umgehung von Bischöfen und Beichtvätern zum Kapsal-Asketen, um spirituelle Heilung und Trost zu finden. Nicht nur Mönche, sondern auch Laien kamen aus der Ferne zum heiligen Nikodemus. Der Heilige begann sich bald darüber zu beschweren, dass er dem Gebet, das er sich gewünscht hatte, nicht nachgehen konnte, und wollte sich erneut an einen verlassenen Ort zurückziehen, der niemandem bekannt war. Eine Krankheit hinderte ihn jedoch daran, dieses Vorhaben zu verwirklichen.