Проведя на Скиропуле год, преподобный Никодим вернулся на Афон, постригся в великую схиму и поселился в келье святого Феоны в Капсале. Он согласился взять ученика, Иерофея, и с еще большим усердием предался работе над книгами и наставлению братий, селившихся вокруг него, чтобы приобщиться к его мудрости.
Вскоре на Афон вновь приехал святой Макарий Коринфский. Он поручил преподобному Никодиму подготовить перевод полного собрания творений преподобного Симеона Нового Богослова. Во введении к этой книге, содержавшей глубокие наставления о созерцании, преподобный Никодим уточняет, что такие сочинения предназначены не только для монахов, но и для мирян, ибо все христиане призваны к евангельскому совершенству. Затем преподобный Никодим составил «Ексомологитарий», то есть «Руководство к исповеди», и уникальный сборник канонов Богородице на каждый глас и на каждый день недели для пения в конце вечерни или на повечерии в монастырях.
Помимо многих других литургических текстов в то время он опубликовал два сочинения, представлявшие собой адаптированные версии двух знаменитых западных духовных сочинений: «Невидимую брань» Лоренцо Скуполи (1589) и «Духовные упражнения», которые и до сих пор пользуются неизменным успехом. Эти книги отнюдь не являются простым переводом; они глубоко переработаны святым подвижником, который дополнил их безупречными наставлениями о покаянии, подвижничестве и молитве Иисусовой.
Между тем «Книга душеполезнейшая о непрестанном причащении» вызвала резкое неприятие среди монахов, защищавших обычай причащаться только три или четыре раза в год, что противоречит святым канонам и апостольскому Преданию. Книга была обвинена в новоизмышленной ереси и осуждена патриархом Прокопием. Но когда патриарший престол занял Неофит VII (1789), запрет был снят, а колливады признаны истинными защитниками священного Предания. Тем не менее, грубая нелепая клевета на преподобного Никодима продолжала распространяться в некоторых монашеских кругах. Его даже обвиняли в том, что он будто бы прячет Святые Дары в своей скуфейке, дабы можно было причащаться на ходу. Но святой предпочитал хранить молчание, ожидая оправдания только от Бога, и со слезами молился об обращении тех, кто пребывает в заблуждении относительно поминовения усопших по воскресеньям.
Иеромонах Агапий Пелопоннесский приехал на Афон и предложил преподобному Никодиму пересмотреть и перевести подготовленный им сборник святых канонов, расширив комментарии к нему. Святой, для которого жизнь и порядок в Церкви были дороже собственной жизни, с усердием принялся за работу. Он взял даже четырех писцов, чтобы побыстрее окончить этот необходимый сборник, который он назвал «Кормчая» («Пидалион»). Более двух лет преподобный Никодим работал днем и ночью, собирая, сопоставляя, исправляя ошибочные или противоречивые тексты, приводя параллели из постановлений Вселенских Соборов, отцов Церкви и византийского гражданского законодательства, обогащая сочинение огромным количеством примечаний, которые давали точные критерии для применения этих канонов в жизни Церкви. Законченный сборник был отправлен в Константинополь, однако ему пришлось долго дожидаться патриаршего благословения. Затем все афонские монахи подписались на эту книгу, перечислив средства. Тогда сборник передали для издания иеромонаху Феодориту, находившемуся в Румынии. Но тот был противником колливадов и частого причащения и по своему усмотрению ввел в «Пидалион» исправления, исказив замысел автора и церковное Предание. Книга вышла в Лейпциге в 1800 году. Когда она попала в руки преподобного Никодима, он был глубоко оскорблен и воскликнул: «Лучше бы он ударил меня мечом прямо в сердце, чем добавил или сократил что-либо в этой книге!»
В то же время до преподобного Никодима дошло известие о том, что рукопись полного собрания творений святого Григория Паламы (память 14 ноября), с большим трудом собранных и прокомментированных им по просьбе преподобного Афанасия Паросского (память 24 июня) и митрополита Льва Илиопольского, была захвачена и уничтожена в венской типографии. Это случилось из-за того, что австрийцы искали «Манифест» Ригаса Фереоса, призывавший греков к восстанию против турок. Эта новость сразила преподобного Никодима, и он проливал потоки слез, сожалея не столько о невосполнимой потере времени, затраченного на эту работу, сколько об утрате такого сокровища.
После этого преподобный Никодим вместе с Сильвестром Кесарийским провел некоторое время в келье святого Василия, где некогда жил святой Феофил Мироточивый (память 8 июля), а затем вновь стал жить в уединении и продолжил свои апостольские труды. Одетый в лохмотья и обутый в грубые башмаки, он считал себя последним из всех. Он никогда не готовил себе никаких блюд и вкушал только вареный рис или мед, разведенный водой, несколько оливок и немного размоченных бобов. Если голод слишком сильно мучил преподобного Никодима, он приходил к соседям и трапезничал с ними, но обычно тотчас увлекался беседой и забывал о еде. Его видели занятым только двумя делами: молитвой и учеными трудами. В любой час дня и ночи его можно было найти либо согбенным над книгой или письменными принадлежностями, либо с головой, склоненной на грудь, низводящим ум в глубину сердца, чтобы оттуда с усердием призывать святое имя Иисусово. Он весь становился молитвой, и именно благодаря этому сокровенному единению со Христом Божественная благодать вложила в его сердце все сокровище Церкви. Когда преподобный Никодим писал, он полностью погружался в работу. Однажды к нему зашел некий монах и, застав его за работой, вложил ему в рот кусочек свежего хлеба. Вечером он снова зашел и увидел преподобного Никодима в той же позе, с куском хлеба во рту, как будто он ничего не заметил.
В это время преподобный Никодим написал обширный комментарий к Посланиям апостола Павла, основываясь на толковании блаженного Феофилакта Болгарского, дополнив его также комментарием к соборным посланиям. Он написал и толкование к девяти библейским песням, озаглавленное им «Сад благодатный», и перевел «Толкование на Псалтирь» Евфимия Зигавина. Как и во всех прочих своих трудах, в этих сочинениях преподобный Никодим отнюдь не ограничивался простым переводом. Беря в качестве основы и направляющей один из принятых Церковью комментариев, он дополнял его своими обширными примечаниями, насыщал свидетельствами других отцов Церкви о множестве разных вопросов.
Словно неиссякаемый источник, он издавал и избранные жития древних святых («Неон Эклогион» – «Новый Изборник»), и «Новый Мартирологий» – сборник житий новомучеников, чтобы поддерживать веру христиан, угнетаемых османским игом. Благодаря этому сборнику многие отступники обратились и присоединились к славному воинству мучеников. Преподобный Никодим постоянно заботился о воспитании народа Божия и издал сочинение под названием «Христианское благонравие» – замечательное изложение нравственных наставлений святого Иоанна Златоуста.
Ежедневно многие из тех, кто был ранен грехом или отступничеством, минуя епископов и духовников, притекали к капсальскому подвижнику, чтобы обрести душевное исцеление и утешение. Не только монахи, но и миряне приходили к преподобному Никодиму издалека. Святой вскоре стал сетовать на то, что не может предаваться желанной ему молитве, и снова хотел удалиться в пустынное, никому не известное место. Однако болезнь помешала ему осуществить это намерение.