بعد أن أمضى سنة في سكيروبول، عاد الراهب نيقوديموس إلى آثوس، وأخذ نذوره الرهبانية في المخطط الكبير واستقر في قلاية القديسة ثيونا في كابسالا. وافق على الاستعانة بتلميذه هيروثيوس، وبحماسة أكبر كرس نفسه للعمل على الكتب وتعليم الإخوة الذين استقروا حوله من أجل الانضمام إلى حكمته.
وسرعان ما جاء القديس مقاريوس الكورنثي إلى آثوس مرة أخرى. وكلف القديس نيقوديموس بإعداد ترجمة للمجموعة الكاملة لأعمال القديس سمعان اللاهوتي الجديد. في مقدمة هذا الكتاب، التي تضمنت تعليمات عميقة عن التأمل، يوضح القديس نيقوديموس أن هذه الكتابات ليست مخصصة للرهبان فقط، بل للعلمانيين أيضًا، لأن جميع المسيحيين مدعوون إلى الكمال الإنجيلي. ثم قام الراهب نيقوديموس بتجميع "Exomologitarium"، أي "دليل الاعتراف"، ومجموعة فريدة من الشرائع لوالدة الإله لكل صوت ولكل يوم من أيام الأسبوع للغناء في نهاية صلاة الغروب أو في Compline في الأديرة.
بالإضافة إلى العديد من النصوص الطقسية الأخرى، نشر عملين في ذلك الوقت، وهما نسختان معدلتان من عملين روحيين غربيين مشهورين: الحرب الخفية للورينزو سكوبولي (1589) والتمارين الروحية، والتي استمرت في التمتع بنجاح مستمر. هذه الكتب ليست بأي حال من الأحوال ترجمات بسيطة؛ لقد تمت مراجعتها بعمق من قبل الزاهد المقدس، الذي أكملها بتعليمات لا تشوبها شائبة حول التوبة والنسك وصلاة يسوع.
في حين أثار كتاب "الكتاب المفيد في المناولة المستمرة" رفضًا حادًا بين الرهبان، الذين دافعوا عن عادة تناول المناولة ثلاث أو أربع مرات فقط في السنة، الأمر الذي يتعارض مع الشرائع المقدسة والتقليد الرسولي. تم اتهام الكتاب ببدعة مخترعة حديثًا وأدانها البطريرك بروكوبيوس. ولكن عندما تولى نيوفيت السابع العرش البطريركي (1789)، تم رفع الحظر، وتم الاعتراف بالكوليفاد كمدافعين حقيقيين عن التقليد المقدس. ومع ذلك فإن الافتراءات الشنيعة والسخيفة ضد القديس نيقوديموس استمرت في الانتشار في بعض الأوساط الرهبانية. حتى أنه اتُهم بإخفاء الهدايا المقدسة في سكوفا حتى يتمكن من الحصول على القربان أثناء التنقل. لكن القديس فضل الصمت منتظرًا التبرير من الله فقط، وصلى بدموع من أجل ارتداد الذين كانوا مخطئين فيما يتعلق بتذكار الموتى في أيام الآحاد.
جاء هيرومونك أغابيوس البيلوبونيزي إلى آثوس ودعا القديس نيقوديموس لمراجعة وترجمة مجموعة القوانين المقدسة التي أعدها، وتوسيع التعليقات عليها. القديس، الذي كانت الحياة والنظام في الكنيسة أكثر قيمة بالنسبة له من حياته، بدأ العمل بغيرة. حتى أنه أخذ أربعة كتبة لإنهاء هذه المجموعة الضرورية بسرعة، والتي أطلق عليها اسم "قائد الدفة" ("بيداليون"). لأكثر من عامين، عمل الراهب نيقوديموس ليلًا ونهارًا، في جمع ومقارنة وتصحيح النصوص المغلوطة أو المتناقضة، مستشهدًا بالمتوازيات من مراسيم المجامع المسكونية وآباء الكنيسة والتشريعات المدنية البيزنطية، مما أثرى العمل بعدد هائل من الملاحظات التي قدمت معايير دقيقة لتطبيق هذه الشرائع في حياة الكنيسة. تم إرسال المجموعة الكاملة إلى القسطنطينية، لكن كان عليه الانتظار طويلاً حتى يحصل على بركة البطريرك. ثم اشترك جميع الرهبان الأثونيين في هذا الكتاب لتحويل الأموال. ثم تم تسليم المجموعة إلى هيرومونك ثيودوريت، الذي كان في رومانيا، للنشر.
لكنه كان معارضا للتصادمات والتواصل المتكرر، ووفقا لتقديره الخاص، أدخل تصحيحات في "Pidalion"، مما يشوه نية المؤلف وتقاليد الكنيسة. نُشر الكتاب في لايبزيغ عام 1800. وعندما وقع في يد الراهب نيقوديموس، شعر بالإهانة الشديدة وصرخ: "سيكون من الأفضل لو ضربني بالسيف في قلبي من أن أضيف أو اختصر أي شيء في هذا الكتاب!"
في الوقت نفسه، وصلت أخبار إلى القديس نيقوديموس مفادها أن مخطوطة المجموعة الكاملة لأعمال القديس غريغوريوس بالاماس (14 نوفمبر)، والتي جمعها وشرحها بصعوبة كبيرة بناءً على طلب القديس أثناسيوس الباري (24 يونيو) والمتروبوليت لاون من إليوبوليس، تم الاستيلاء عليها وتدميرها في مطبعة في فيينا. حدث ذلك لأن النمساويين كانوا يبحثون عن "بيان" ريجاس فيريوس الذي دعا اليونانيين إلى الثورة ضد الأتراك. أصاب هذا الخبر القديس نيقوديموس، فذرف دموعًا، ولم يندم كثيرًا على خسارة الوقت الذي لا يمكن تعويضه في هذا العمل، بل ندم على فقدان مثل هذا الكنز.
بعد ذلك، قضى الراهب نيقوديموس، مع سيلفستر قيصرية، بعض الوقت في زنزانة القديس باسيليوس، حيث عاش ذات يوم القديس ثيوفيلوس المتدفق (8 يوليو)، ثم بدأ مرة أخرى في العيش في عزلة وواصل أعماله الرسولية. كان يرتدي الخرق ويرتدي أحذية خشنة، واعتبر نفسه الأخير على الإطلاق. لم يعد لنفسه طعامًا قط، وكان يأكل فقط الأرز المسلوق أو العسل المخفف بالماء، والقليل من الزيتون، والقليل من الفول المنقوع. إذا كان الجوع يعذب الراهب نيقوديموس كثيرًا، فإنه سيأتي إلى جيرانه ويأكل معهم، ولكن عادةً ما ينجرف في المحادثة على الفور وينسى الطعام. ولم يشاهد إلا شيئين: الصلاة والعمل العلمي. في أي ساعة من النهار أو الليل يمكن العثور عليه إما منحنيًا على كتاب أو أدوات للكتابة، أو منحنيًا رأسه على صدره، جاذبًا عقله إلى أعماق قلبه، ومن هناك بغيرة لينادي باسم يسوع القدوس.
لقد أصبح مصليًا بالكامل، وبفضل هذه الوحدة الحميمة مع المسيح، وضعت النعمة الإلهية في قلبه كل كنز الكنيسة. عندما كتب الراهب نيقوديموس، انغمس بالكامل في عمله. ذات يوم جاء إليه راهب ووجده في العمل فوضع قطعة من الخبز الطازج في فمه. وفي المساء دخل مرة أخرى فرأى الراهب نيقوديموس على نفس الوضعية وفي فمه قطعة خبز وكأنه لم يلاحظ شيئًا.
في هذا الوقت، كتب الراهب نيقوديموس تعليقًا موسعًا على رسائل الرسول بولس، بناءً على تفسير الطوباوي ثيوفيلاكت البلغاري، مضيفًا أيضًا تعليقًا على الرسائل المجمعية. كما كتب تفسيرًا لتسع ترانيم من الكتاب المقدس بعنوان "حديقة النعمة" وترجم "تفسير سفر المزامير" لإيفيمي زيغافين. كما هو الحال في جميع أعماله الأخرى، في هذه الكتابات، لم يقتصر القس نيقوديموس على الترجمة البسيطة. أخذ كأساس وتوجيه أحد التعليقات التي قبلتها الكنيسة، وأكملها بملاحظاته الشاملة، وأشبعها بشهادات آباء الكنيسة الآخرين حول العديد من القضايا المختلفة.
مثل مصدر لا ينضب، نشر حياة مختارة من القديسين القدامى ("نيون إكلوجيون" - "نيو إزبورنيك")، و "علم الشهداء الجديد" - مجموعة من حياة الشهداء الجدد لدعم إيمان المسيحيين المضطهدين من قبل نير العثمانيين. وبفضل هذه المجموعة، تحول العديد من المرتدين وانضموا إلى جيش الشهداء المجيد. اهتم الراهب نيقوديموس باستمرار بتعليم شعب الله ونشر مقالاً بعنوان "الأخلاق المسيحية الصالحة" - وهو عرض رائع للتعليمات الأخلاقية للقديس يوحنا الذهبي الفم.
كل يوم، كان العديد من الذين أصيبوا بالخطيئة أو الردة، متجاوزين الأساقفة والمعترفين، يتوافدون على ناسك الكابسال ليجدوا الشفاء الروحي والعزاء. لم يأتِ الرهبان فحسب، بل العلمانيون أيضًا إلى القديس نيقوديموس من بعيد. سرعان ما بدأ القديس يشكو من عدم قدرته على الانغماس في الصلاة التي يريدها، وأراد مرة أخرى أن يتقاعد في مكان مهجور غير معروف لأي شخص. لكن المرض منعه من تحقيق هذه النية.