Αφού πέρασε ένα χρόνο στη Σκιροπούλου, ο μοναχός Νικόδημος επέστρεψε στον Άθω, πήρε μοναχικούς όρκους στο μεγάλο σχήμα και εγκαταστάθηκε στο κελί της Αγίας Θεώνας στα Καψάλα. Συμφώνησε να πάρει έναν μαθητή, τον Ιερόθεο, και με ακόμη μεγαλύτερο ζήλο αφοσιώθηκε στην εργασία για βιβλία και στην καθοδήγηση των αδελφών που εγκαταστάθηκαν γύρω του για να ενωθούν με τη σοφία του.
Σύντομα ήρθε πάλι στον Άθω ο Άγιος Μακάριος ο Κορίνθιος. Ανέθεσε στον άγιο Νικόδημο να ετοιμάσει μια μετάφραση της πλήρους συλλογής έργων του Αγίου Συμεών του Νέου Θεολόγου. Στην εισαγωγή αυτού του βιβλίου, που περιείχε βαθιές οδηγίες για τον στοχασμό, ο άγιος Νικόδημος διευκρινίζει ότι τέτοια γραπτά προορίζονται όχι μόνο για μοναχούς, αλλά και για λαϊκούς, για όλους τους Χριστιανούς που καλούνται στην ευαγγελική τελειότητα. Κατόπιν ο μοναχός Νικόδημος συνέταξε το «Exomologitarium», δηλαδή τον «Οδηγό της Εξομολόγησης» και μια μοναδική συλλογή κανόνων προς τη Μητέρα του Θεού για κάθε φωνή και για κάθε ημέρα της εβδομάδας για να ψάλλει στο τέλος του Εσπερινού ή στο Compline σε μοναστήρια.
Εκτός από πολλά άλλα λειτουργικά κείμενα, δημοσίευσε δύο έργα εκείνη την εποχή, τα οποία ήταν προσαρμοσμένες εκδοχές δύο διάσημων πνευματικών έργων της Δύσης: το Invisible Warfare (1589) του Lorenzo Scupoli και το Spiritual Exercises, τα οποία συνέχισαν να απολαμβάνουν συνεχή επιτυχία. Αυτά τα βιβλία δεν είναι καθόλου απλές μεταφράσεις. αναθεωρήθηκαν βαθιά από τον άγιο ασκητή, ο οποίος τα συμπλήρωσε με άψογες οδηγίες για τη μετάνοια, τον ασκητισμό και την προσευχή του Ιησού.
Εν τω μεταξύ, «Το Πιο Χρήσιμο Βιβλίο της Συνεχούς Κοινωνίας» προκάλεσε έντονη απόρριψη στους μοναχούς, οι οποίοι υπερασπίστηκαν το έθιμο της κοινωνίας μόνο τρεις ή τέσσερις φορές το χρόνο, κάτι που έρχεται σε αντίθεση με τους ιερούς κανόνες και την αποστολική παράδοση. Το βιβλίο κατηγορήθηκε για μια νεοεφευρεθείσα αίρεση και καταδικάστηκε από τον Πατριάρχη Προκόπιο. Όταν όμως ο Νεόφυτος Ζ' ανέλαβε τον πατριαρχικό θρόνο (1789), η απαγόρευση άρθηκε και οι Κολλυβάδες αναγνωρίστηκαν ως οι αληθινοί υπερασπιστές της ιερής Παράδοσης. Ωστόσο, σε ορισμένους μοναστικούς κύκλους συνέχισαν να διαδίδονται χονδροειδείς και παράλογες συκοφαντίες κατά του Αγίου Νικόδημου. Κατηγορήθηκε μάλιστα ότι φέρεται να έκρυβε τα Τίμια Δώρα στη σκούφα του για να μπορεί να κοινωνεί εν κινήσει. Όμως ο άγιος προτίμησε να μείνει σιωπηλός, περιμένοντας τη δικαίωση μόνο από τον Θεό, και με δάκρυα προσευχήθηκε για τη μεταστροφή όσων έκαναν λάθος σχετικά με τη μνήμη των νεκρών τις Κυριακές.
Ο Ιερομόναχος Αγάπιος της Πελοποννήσου ήρθε στον Άθω και κάλεσε τον άγιο Νικόδημο να αναθεωρήσει και να μεταφράσει τη συλλογή ιερών κανόνων που είχε ετοιμάσει, επεκτείνοντας τα σχόλια σε αυτήν. Ο άγιος, για τον οποίο η ζωή και η τάξη στην Εκκλησία είχαν μεγαλύτερη αξία από τη δική του ζωή, άρχισε να λειτουργεί με ζήλο. Πήρε μάλιστα τέσσερις γραφείς για να τελειώσει γρήγορα αυτή την απαραίτητη συλλογή, την οποία ονόμασε «Ο Τιμονιέρης» («Πηδάλιο»). Για περισσότερα από δύο χρόνια, ο μοναχός Νικόδημος εργαζόταν μέρα νύχτα, συλλέγοντας, συγκρίνοντας, διορθώνοντας λανθασμένα ή αντιφατικά κείμενα, παραθέτοντας παραλληλισμούς από τα διατάγματα των Οικουμενικών Συνόδων, των Πατέρων της Εκκλησίας και του βυζαντινού αστικού δικαίου, εμπλουτίζοντας το έργο με τεράστιο αριθμό σημειώσεων που παρείχαν ακριβή κριτήρια για την εφαρμογή αυτών των εκκλησιών. Η ολοκληρωμένη συλλογή στάλθηκε στην Κωνσταντινούπολη, αλλά χρειάστηκε να περιμένει πολύ για την ευλογία του πατριάρχη. Στη συνέχεια, όλοι οι Αθωνίτες μοναχοί εγγράφηκαν σε αυτό το βιβλίο, μεταφέροντας κεφάλαια. Στη συνέχεια η συλλογή παραδόθηκε στον Ιερομόναχο Θεοδώρητο, που βρισκόταν στη Ρουμανία, για έκδοση.
Αλλά ήταν πολέμιος των συγκρούσεων και της συχνής κοινωνίας και, κατά την κρίση του, εισήγαγε διορθώσεις στο «Πηδάλιον», διαστρεβλώνοντας την πρόθεση του συγγραφέα και την Εκκλησιαστική Παράδοση. Το βιβλίο εκδόθηκε στη Λειψία το 1800. Όταν έπεσε στα χέρια του μοναχού Νικόδημου, προσβλήθηκε βαθιά και αναφώνησε: «Θα ήταν καλύτερα να με χτυπούσε με ένα σπαθί ακριβώς στην καρδιά παρά να προσθέσει ή να συντομεύσει οτιδήποτε σε αυτό το βιβλίο!».
Ταυτόχρονα, έφθασε στον άγιο Νικόδημο η είδηση ότι το χειρόγραφο της πλήρους συλλογής έργων του αγίου Γρηγορίου Παλαμά (14 Νοεμβρίου), που συλλέχθηκε και σχολιάστηκε με μεγάλη δυσκολία από τον ίδιο μετά από παράκληση του Αγίου Αθανασίου της Παρίας (24 Ιουνίου) και του Μητροπολίτη Ηλιουπόλεως Λέοντος, συνελήφθη και καταστράφηκε σε τυπογραφείο της Βιενίας. Αυτό συνέβη γιατί οι Αυστριακοί αναζητούσαν το «Μανιφέστο» του Ρήγα Φεραίου, που καλούσε τους Έλληνες να εξεγερθούν κατά των Τούρκων. Αυτή η είδηση χτύπησε τον άγιο Νικόδημο και έχυσε ρυάκια δακρύων, λυπούμενος όχι τόσο για την ανεπανόρθωτη απώλεια χρόνου που αφιερώθηκε σε αυτό το έργο, αλλά για την απώλεια ενός τέτοιου θησαυρού.
Μετά από αυτό, ο μοναχός Νικόδημος, μαζί με τον Συλβέστρο Καισαρείας, πέρασαν λίγο καιρό στο κελί του Αγίου Βασιλείου, όπου κάποτε έζησε ο Άγιος Θεόφιλος ο Μυρορέων (8 Ιουλίου), και στη συνέχεια άρχισε πάλι να ζει στη μοναξιά και συνέχισε το αποστολικό του έργο. Ντυμένος με κουρέλια και φορώντας τραχιά παπούτσια, θεωρούσε τον εαυτό του τελευταίο από όλους. Ποτέ δεν ετοίμαζε φαγητό για τον εαυτό του και έτρωγε μόνο βραστό ρύζι ή μέλι αραιωμένο με νερό, λίγες ελιές και λίγα μουλιασμένα φασόλια. Αν η πείνα βασάνιζε πολύ τον μοναχό Νικόδημο, ερχόταν στους γείτονές του και έτρωγε μαζί τους, αλλά συνήθως παρασυρόταν αμέσως στη συζήτηση και ξεχνούσε το φαγητό. Τον έβλεπαν απασχολημένο μόνο με δύο πράγματα: την προσευχή και τα επιστημονικά έργα. Οποιαδήποτε ώρα της ημέρας ή της νύχτας μπορούσε να βρεθεί είτε σκυμμένος πάνω από ένα βιβλίο ή εργαλεία γραφής, είτε με το κεφάλι σκυμμένο στο στήθος του, κατεβάζοντας το μυαλό του στα βάθη της καρδιάς του, από εκεί με ζήλο να επικαλεστεί το άγιο όνομα του Ιησού.
Έγινε εξ ολοκλήρου προσευχόμενος, και χάρη σε αυτή την οικεία ενότητα με τον Χριστό, η Θεία χάρη έβαλε στην καρδιά του ολόκληρο τον θησαυρό της Εκκλησίας. Όταν έγραψε ο μοναχός Νικόδημος, εντρύφησε πλήρως στο έργο του. Μια μέρα ήρθε κοντά του ένας καλόγερος και βρίσκοντάς τον στη δουλειά του έβαλε ένα κομμάτι φρέσκο ψωμί στο στόμα του. Το βράδυ μπήκε ξανά και είδε τον μοναχό Νικόδημο στην ίδια θέση, με ένα κομμάτι ψωμί στο στόμα, σαν να μην είχε προσέξει τίποτα.
Την εποχή αυτή, ο μοναχός Νικόδημος έγραψε ένα εκτενές σχόλιο στις Επιστολές του Αποστόλου Παύλου, βασισμένο στην ερμηνεία του μακαριστού Θεοφύλακτου της Βουλγαρίας, προσθέτοντας επίσης ένα σχόλιο στις συνοδικές επιστολές. Έγραψε επίσης μια ερμηνεία εννέα βιβλικών τραγουδιών, με τίτλο «The Garden of Grace» και μετέφρασε την «Ερμηνεία του Ψαλτηρίου» από την Evfimy Zigavin. Όπως σε όλα τα άλλα έργα του, έτσι και σε αυτά τα γραπτά ο μοναχός Νικόδημος δεν περιορίστηκε καθόλου στην απλή μετάφραση. Λαμβάνοντας ως βάση και οδηγό ένα από τα σχόλια που δέχτηκε η Εκκλησία, το συμπλήρωσε με τις εκτενείς σημειώσεις του, διαποτίζοντάς το με μαρτυρίες άλλων πατέρων της Εκκλησίας για πολλά και διαφορετικά θέματα.
Σαν ανεξάντλητη πηγή, δημοσίευσε επιλεγμένους βίους αρχαίων αγίων («Neon Eclogion» - «New Izbornik») και «New Martyrology» - μια συλλογή από τη ζωή των νεομαρτύρων για να υποστηρίξει την πίστη των χριστιανών που καταπιέζονταν από τον οθωμανικό ζυγό. Χάρη σε αυτή τη συλλογή, πολλοί αποστάτες προσηλυτίστηκαν και εντάχθηκαν στον ένδοξο στρατό των μαρτύρων. Ο μοναχός Νικόδημος ενδιαφερόταν συνεχώς για την μόρφωση του λαού του Θεού και δημοσίευσε ένα δοκίμιο με τίτλο «Χριστιανικό καλό ήθος» - μια αξιοσημείωτη έκθεση των ηθικών οδηγιών του Αγίου Ιωάννη του Χρυσοστόμου.
Καθημερινά πολλοί από αυτούς που πληγώνονταν από αμαρτία ή αποστασία, παρακάμπτοντας επισκόπους και εξομολογητές, συνέρρεαν στον ασκητή Καψάλ για να βρουν πνευματική θεραπεία και παρηγοριά. Όχι μόνο μοναχοί, αλλά και λαϊκοί έρχονταν στον Άγιο Νικόδημο από μακριά. Ο άγιος σύντομα άρχισε να παραπονιέται ότι δεν μπορούσε να επιδοθεί στην προσευχή που επιθυμούσε και ήθελε πάλι να αποσυρθεί σε ένα έρημο μέρος άγνωστο σε κανέναν. Ωστόσο, η ασθένεια τον εμπόδισε να συνειδητοποιήσει αυτή την πρόθεση.