După ce a petrecut un an pe Skiropoul, călugărul Nicodim s-a întors în Athos, a luat jurămintele monahale în marea schemă și s-a stabilit în chilia Sfintei Theona din Kapsala. El a acceptat să-și ia un student, Hierotheus, și cu și mai mult zel s-a dedicat lucrului la cărți și instruirii fraților care s-au stabilit în jurul lui pentru a se alătura înțelepciunii sale.
Curând, Sfântul Macarie din Corint a venit din nou în Athos. El l-a instruit pe Sfântul Nicodim să pregătească o traducere a colecției complete de lucrări a Sfântului Simeon Noul Teolog. În introducerea acestei cărți, care conținea instrucțiuni profunde despre contemplație, Sfântul Nicodim lămurește că astfel de scrieri sunt destinate nu numai călugărilor, ci și mirenilor, căci toți creștinii sunt chemați la desăvârșirea evanghelică. Atunci călugărul Nicodim a întocmit „Exomologitarium”, adică „Ghidul spovedaniei” și o colecție unică de canoane către Maica Domnului pentru fiecare glas și pentru fiecare zi a săptămânii pentru cântatul la sfârșitul Vecerniei sau la Complete în mănăstiri.
Pe lângă multe alte texte liturgice, a publicat în acea perioadă două lucrări, care erau versiuni adaptate a două lucrări spirituale vestice celebre: Războiul invizibil (1589) de Lorenzo Scupoli și Exerciții spirituale, care au continuat să se bucure de un succes continuu. Aceste cărți nu sunt în niciun caz simple traduceri; au fost profund revizuite de sfântul ascet, care le-a completat cu instrucțiuni impecabile despre pocăință, asceză și rugăciunea lui Iisus.
Între timp, „Cea mai utilă carte a împărtășirii continue” a stârnit o respingere ascuțită în rândul călugărilor, care apărau obiceiul de a se împărtăși doar de trei sau patru ori pe an, ceea ce contrazice sfintele canoane și Tradiția apostolică. Cartea a fost acuzată de o erezie nou inventată și condamnată de Patriarhul Procopie. Dar când Neofit VII a preluat tronul patriarhal (1789), interdicția a fost ridicată, iar Kollyvazii au fost recunoscuți ca adevărații apărători ai Tradiției sacre. Cu toate acestea, calomniile grosolane și absurde împotriva Sfântului Nicodim au continuat să se răspândească în unele cercuri monahale. El a fost chiar acuzat că ar fi ascuns Sfintele Daruri în skufa lui, astfel încât să poată primi împărtășirea din mers. Însă sfântul a preferat să tacă, aşteptând îndreptăţirea numai de la Dumnezeu, iar cu lacrimi s-a rugat pentru convertirea celor care au greşit în privinţa pomenirii morţilor duminica.
Ieromonahul Agapie din Peloponez a venit la Athos și l-a invitat pe Sfântul Nicodim să revizuiască și să traducă colecția de sfinte canoane pe care o pregătise, extinzând comentariile la aceasta. Sfântul, pentru care viața și ordinea în Biserică erau mai valoroase decât propria sa viață, s-a pus la lucru cu râvnă. El a luat chiar și patru cărturari pentru a termina rapid această colecție necesară, pe care a numit-o „Cirmaciul” („Pidalion”). Mai bine de doi ani, călugărul Nicodim a lucrat zi și noapte, culegând, comparând, corectând texte eronate sau contradictorii, citând paralele din decretele Sinoadelor Ecumenice, ale Părinților Bisericii și legislația civilă bizantină, îmbogățind lucrarea cu un număr imens de note care au oferit criterii precise pentru aplicarea acestor canoane în viața Bisericii. Colecția finalizată a fost trimisă la Constantinopol, dar a trebuit să aștepte mult timp pentru binecuvântarea patriarhului. Atunci toți călugării athoniți s-au abonat la această carte, transferând fonduri. Apoi colecția a fost predată ieromonahului Teodoret, aflat în România, spre publicare.
Dar el a fost un adversar al colivadelor și al comuniunii frecvente și, la propria discreție, a introdus corecții în „Pidalion”, denaturând intenția autorului și Tradiția bisericească. Cartea a fost publicată la Leipzig în 1800. Când a căzut în mâinile călugărului Nicodim, acesta a fost profund jignit și a exclamat: „Ar fi mai bine să mă lovească cu o sabie chiar în inimă decât să adauge sau să scurteze ceva în această carte!”
Totodată, la Sfântul Nicodim a ajuns vestea că manuscrisul culegerii complete de lucrări a Sfântului Grigorie Palama (14 noiembrie), cules și adnotat cu mare greutate de către acesta la cererea Sfântului Atanasie de Paria (24 iunie) și a Mitropolitului Leon de Iliopolis, a fost capturat și distrus într-o tipografie vieneză. Acest lucru s-a întâmplat pentru că austriecii căutau „Manifestul” de la Rigas Fereos, care chema grecii să se revolte împotriva turcilor. Această veste l-a lovit pe Sfântul Nicodim, iar acesta a vărsat șiroaie de lacrimi, regretând nu atât pierderea iremediabilă a timpului petrecut cu această lucrare, cât pierderea unei asemenea comori.
După aceasta, călugărul Nicodim, împreună cu Silvestru din Cezareea, au petrecut ceva timp în chilia Sfântului Vasile, unde a locuit cândva Sfântul Teofil Smirghenul (8 iulie), apoi a început din nou să trăiască în singurătate și și-a continuat munca apostolică. Îmbrăcat în zdrențe și purtând pantofi aspri, se considera ultimul dintre toți. Nu și-a pregătit niciodată mâncare și a mâncat doar orez fiert sau miere diluată cu apă, câteva măsline și câteva fasole înmuiate. Dacă foamea îl chinuia prea mult pe călugărul Nicodim, venea la vecini săi și mânca cu ei, dar de obicei se lăsa dus imediat de conversație și uita de mâncare. A fost văzut ocupat doar cu două lucruri: rugăciunea și lucrările savante. La orice oră din zi sau din noapte putea fi găsit fie aplecat peste o carte sau instrumente de scris, fie cu capul plecat pe piept, coborându-și mintea în adâncul inimii, de acolo cu râvnă să cheme numele sfânt al lui Isus.
El a devenit cu totul rugător și datorită acestei unități intime cu Hristos, harul divin a pus în inima lui întreaga comoară a Bisericii. Când a scris călugărul Nicodim, s-a cufundat complet în munca sa. Într-o zi a venit la el un oarecare călugăr și, găsindu-l la muncă, i-a pus în gură o bucată de pâine proaspătă. Seara a intrat din nou și l-a văzut pe călugărul Nicodim în aceeași poziție, cu o bucată de pâine în gură, de parcă n-ar fi observat nimic.
În acest moment, călugărul Nicodim a scris un amplu comentariu la Epistolele Apostolului Pavel, bazat pe interpretarea Fericitului Teofilact al Bulgariei, adăugând și un comentariu la epistolele conciliare. De asemenea, a scris o interpretare a nouă cântece biblice, intitulată „Grădina harului” și a tradus „Interpretarea psaltirii” de Evfimy Zigavin. Ca în toate celelalte lucrări ale sale, în aceste scrieri călugărul Nicodim nu s-a limitat deloc la simpla traducere. Luând ca bază și îndrumător unul dintre comentariile acceptate de Biserică, el l-a completat cu însemnările sale extinse, saturând-o cu mărturiile altor părinți ai Bisericii pe multe probleme diferite.
Ca o sursă inepuizabilă, a publicat vieți alese ale sfinților antici („Neon Eclogion” - „New Izbornik”) și „New Martyrology” - o colecție a vieților noilor martiri pentru a susține credința creștinilor asupriți de jugul otoman. Datorită acestei colecții, mulți apostați s-au convertit și s-au alăturat glorioasei armate a martirilor. Monahul Nicodim s-a preocupat constant de educația poporului lui Dumnezeu și a publicat un eseu intitulat „Buna morală creștină” - o expunere remarcabilă a instrucțiunilor morale ale Sfântului Ioan Gură de Aur.
În fiecare zi, mulți dintre cei care au fost răniți de păcat sau apostazie, ocolind episcopii și mărturisitorii, se înghesuiau la ascetul Kapsal pentru a găsi vindecare și mângâiere spirituală. Nu numai călugări, ci și mireni au venit la Sfântul Nicodim de departe. Sfântul a început curând să se plângă că nu poate să se complace în rugăciunea pe care o dorea și din nou a vrut să se retragă într-un loc pustiu, necunoscut de nimeni. Cu toate acestea, boala l-a împiedicat să realizeze această intenție.