Po roce stráveném na Skiropoulu se mnich Nikodém vrátil na Athos, přijal mnišské sliby do velkého schématu a usadil se v cele svaté Theony v Kapsale. Souhlasil s tím, že se ujme studenta Hierothea, as ještě větším zápalem se věnoval práci na knihách a instruování bratří, kteří se usadili kolem něj, aby se přidali k jeho moudrosti.
Brzy svatý Makarius Korintský znovu přišel na Athos. Pověřil sv. Nikodéma, aby připravil překlad kompletní sbírky děl sv. Simeona Nového teologa. V úvodu této knihy, který obsahoval hluboké pokyny ke kontemplaci, svatý Nikodém objasňuje, že takové spisy jsou určeny nejen mnichům, ale i laikům, protože všichni křesťané jsou povoláni k evangelijní dokonalosti. Potom mnich Nikodém sestavil „Exomologitarium“, to jest „Průvodce zpovědí“ a jedinečnou sbírku kánonů k Matce Boží pro každý hlas a pro každý den v týdnu pro zpěv na konci nešpor nebo při kompliárii v klášterech.
Kromě mnoha dalších liturgických textů vydal v té době dvě díla, která byla adaptovanými verzemi dvou slavných západních duchovních děl: Neviditelný boj Lorenza Scupoliho (1589) a Duchovní cvičení, která se těší nepřetržitému úspěchu. Tyto knihy nejsou v žádném případě jednoduchými překlady; byly hluboce revidovány svatým asketou, který je doplnil dokonalými instrukcemi o pokání, asketismu a Ježíšově modlitbě.
Mezitím „Nejužitečnější kniha nepřetržitého přijímání“ vzbudila ostré odmítnutí mezi mnichy, kteří hájili zvyk přijímat přijímání pouze třikrát nebo čtyřikrát do roka, což je v rozporu se svatými kánony a apoštolskou tradicí. Kniha byla obviněna z nově vynalezené hereze a odsouzena patriarchou Prokopem. Když však Neophyte VII nastoupil na patriarchální trůn (1789), zákaz byl zrušen a Kollyvadové byli uznáni za opravdové obránce posvátné Tradice. Přesto se v některých klášterních kruzích nadále šířily hrubé a absurdní pomluvy proti svatému Nikodémovi. Byl dokonce obviněn, že údajně schovával Svaté Dary ve své skufě, aby mohl přijímat přijímání na cestách. Světec však raději mlčel, očekával ospravedlnění pouze od Boha a se slzami se modlil za obrácení těch, kteří se mýlili ohledně nedělní památky zesnulých.
Hieromonk Agapius z Peloponésu přijel na Athos a pozval svatého Nikodéma, aby zkontroloval a přeložil sbírku svatých kánonů, kterou připravil, a rozšířil k ní komentáře. Světec, pro kterého byly život a řád v církvi cennější než jeho vlastní život, se pustil do práce s horlivostí. Dokonce si vzal čtyři písaře, aby rychle dokončili tuto potřebnou sbírku, kterou nazval „Komidelník“ („Pidalion“). Více než dva roky mnich Nikodém pracoval dnem i nocí, sbíral, porovnával, opravoval chybné nebo protichůdné texty, citoval paralely z dekretů ekumenických koncilů, církevních otců a byzantského občanského zákonodárství, obohacoval dílo velkým množstvím poznámek, které poskytovaly přesná kritéria pro aplikaci těchto kánonů v životě církve. Dokončená sbírka byla odeslána do Konstantinopole, ale na patriarchovo požehnání musel dlouho čekat. Poté si tuto knihu předplatili všichni athonitští mniši a převedli finanční prostředky. Poté byla sbírka předána k vydání Hieromonku Theodoretovi, který byl v Rumunsku.
Byl však odpůrcem kollivád a častého přijímání a podle vlastního uvážení zavedl do „Pidalionu“ opravy, čímž zkreslil autorův záměr a církevní tradici. Kniha vyšla v Lipsku v roce 1800. Když se dostala do rukou mnicha Nikodéma, byl hluboce uražen a zvolal: „Bylo by lepší, kdyby mě udeřil mečem přímo do srdce, než cokoli v této knize přidávat nebo zkracovat!“
Ve stejné době se ke svatému Nikodémovi donesla zpráva, že rukopis kompletní sbírky děl svatého Řehoře Palamy (14. listopadu), který shromáždil a s velkými obtížemi poznamenal na žádost svatého Atanáše z Parie (24. června) a metropolity Lva z Iliopolis, byl zachycen a zničen ve vídeňské tiskárně. Stalo se tak proto, že Rakušané hledali „Manifest“ Rigas Fereos, který vyzýval Řeky ke vzpouře proti Turkům. Tato zpráva zasáhla svatého Nikodéma a proléval potoky slz, litoval ani ne tak nenapravitelné ztráty času stráveného tímto dílem, ale ztráty takového pokladu.
Poté mnich Nikodém spolu se Silvestrem z Cesareje strávil nějaký čas v cele svatého Basila, kde kdysi žil sv. Theophilus proudící myrhou (8. července), a pak znovu začali žít v samotě a pokračovali ve své apoštolské práci. Oblečený v hadrech a v hrubých botách se považoval za posledního ze všech. Nikdy si nepřipravoval žádné jídlo a jedl jen vařenou rýži nebo med zředěný vodou, pár oliv a pár namočených fazolí. Pokud hlad mnicha Nikodéma příliš sužoval, přišel ke svým sousedům a jedl s nimi, ale obvykle se okamžitě nechal unést rozhovorem a na jídlo zapomněl. Byl zaneprázdněn pouze dvěma věcmi: modlitbou a vědeckými pracemi. V kteroukoli denní či noční hodinu ho bylo možné najít buď skloněného nad knihou nebo psacím náčiním, nebo s hlavou skloněnou na hrudi, snášející mysl do hlubin svého srdce, odkud s horlivostí vzývat svaté jméno Ježíš.
Stal se zcela modlitebním a právě díky této důvěrné jednotě s Kristem mu Boží milost vložila do srdce celý poklad církve. Když mnich Nikodém psal, zcela se ponořil do svého díla. Jednoho dne k němu přišel jistý mnich a když ho našel v práci, vložil mu do úst kousek čerstvého chleba. Večer vešel znovu a uviděl mnicha Nikodéma ve stejné poloze s kouskem chleba v ústech, jako by si ničeho nevšiml.
V této době napsal mnich Nikodém obsáhlý komentář k listům apoštola Pavla, založený na výkladu Blahoslaveného Theofylakta Bulharska, a přidal také komentář ke koncilním listům. Napsal také interpretaci devíti biblických písní s názvem „Zahrada milosti“ a přeložil „Výklad žaltáře“ od Evfimy Zigavina. Jako ve všech svých dalších dílech, ani v těchto spisech se mnich Nikodém vůbec neomezil na prostý překlad. Jako základ a vodítko si vzal jeden z komentářů přijatých církví, doplnil jej svými rozsáhlými poznámkami a naplnil je svědectvími jiných církevních otců o mnoha různých otázkách.
Jako nevyčerpatelný zdroj publikoval vybrané životy starověkých světců („Neon Eclogion“ – „Nový Izbornik“) a „New Martyrology“ – sbírku životů nových mučedníků na podporu víry křesťanů utlačovaných osmanským jhem. Díky této sbírce se mnoho odpadlíků obrátilo a přidalo se ke slavné armádě mučedníků. Mnich Nikodém se neustále staral o výchovu Božího lidu a vydal esej s názvem „Křesťanská dobrá morálka“ – pozoruhodný výklad mravních pokynů svatého Jana Zlatoústého.
Každý den se mnozí z těch, kteří byli zraněni hříchem nebo odpadlictvím, obešli biskupy a zpovědníky, hrnuli do Kapsalského asketa, aby nalezli duchovní uzdravení a útěchu. Ke svatému Nikodémovi přicházeli z daleka nejen mniši, ale i laici. Světec si brzy začal stěžovat, že se nemůže oddat modlitbě, po které toužil, a znovu se chtěl stáhnout na opuštěné místo, které nikdo nezná. V realizaci tohoto záměru mu však zabránila nemoc.