Провівши на Скіропулі рік, преподобний Никодим повернувся на Афон, постригся у велику схиму і оселився в келії святого Феони в Капсалі. Він погодився взяти учня, Єрофея, і з ще більшою старанністю віддався роботі над книгами та настановою братів, що селилися навколо нього, щоб долучитися до його мудрості.
Незабаром на Афон знову приїхав святий Макарій Корінфський. Він доручив преподобному Никодиму підготувати переклад повних зборів творінь преподобного Симеона Нового Богослова. У вступі до цієї книги, що містила глибокі настанови про споглядання, преподобний Никодим уточнює, що такі твори призначені не тільки для ченців, а й для мирян, бо всі християни покликані до євангельської досконалості. Потім преподобний Никодим склав «Ексомологітарій», тобто «Керівництво до сповіді», і унікальну збірку канонів Богородиці на кожен голос та на кожен день тижня для співу наприкінці вечірні або на вечері у монастирях.
Крім багатьох інших літургійних текстів він опублікував два твори, які були адаптовані версії двох знаменитих західних духовних творів: «Невидиму лайку» Лоренцо Скуполи (1589) і «Духовні вправи», які й досі користуються незмінним успіхом. Ці книжки зовсім не є простим перекладом; вони глибоко перероблені святим подвижником, який доповнив їх бездоганними настановами про покаяння, подвижництво та молитву Ісусову.
Тим часом «Книга душекорисна про невпинне причастя» викликала різке неприйняття серед ченців, які захищали звичай причащатися лише три чи чотири рази на рік, що суперечить святим канонам та апостольському переказу. Книгу було звинувачено у нововигаданій єресі та засуджено патріархом Прокопієм. Але коли патріарший престол зайняв Неофіт VII (1789), заборона була знята, а колівади визнані справжніми захисниками священного Передання. Тим не менш, грубий безглуздий наклеп на преподобного Никодима продовжував поширюватися в деяких чернечих колах. Його навіть звинувачували в тому, що він ніби ховає Святі Дари у своїй скуфійці, щоб можна було причащатися на ходу. Але святий вважав за краще зберігати мовчання, чекаючи виправдання тільки від Бога, і зі сльозами молився за звернення тих, хто перебуває в омані щодо поминання померлих у неділю.
Ієромонах Агапій Пелопоннеський приїхав на Афон і запропонував преподобному Никодиму переглянути та перекласти підготовлену ним збірку святих канонів, розширивши коментарі до неї. Святий, для якого життя і порядок у Церкві були дорожчі за власне життя, з старанністю взявся за роботу. Він узяв навіть чотирьох переписувачів, щоб якнайшвидше закінчити цю необхідну збірку, яку він назвав «Кормчаю» («Підаліон»). Більше двох років преподобний Никодим працював вдень і вночі, збираючи, зіставляючи, виправляючи помилкові чи суперечливі тексти, наводячи паралелі з постанов Вселенських Соборів, отців Церкви та візантійського цивільного законодавства, збагачуючи твір величезною кількістю приміток, які давали точні критерії для застосування. Закінчену збірку було відправлено до Константинополя, проте йому довелося довго чекати на патріарше благословення. Потім усі афонські ченці передплатили цю книгу, перерахувавши кошти. Тоді збірку передали для видання ієромонаху Феодориту, який перебував у Румунії.
Але той був противником коллівадів і частого причастя і на власний розсуд ввів у «Підаліон» виправлення, спотворивши задум автора і церковне Передання. Книга вийшла у Лейпцигу у 1800 році. Коли вона потрапила до рук преподобного Никодима, він був глибоко ображений і вигукнув: «Краще б він ударив мене мечем прямо в серце, ніж додав чи скоротив щось у цій книзі!»
У той же час до преподобного Никодима дійшло звістка про те, що рукопис повного зібрання творінь святого Григорія Палами (пам'ять 14 листопада), насилу зібраних і прокоментованих ним на прохання преподобного Афанасія Паросського (пам'ять 24 червня) і митрополита Лева Іліовенського, була зах. Це сталося через те, що австрійці шукали «Маніфест» Рігаса Фереоса, який закликав греків до повстання проти турків. Ця новина вразила преподобного Никодима, і він проливав потоки сліз, шкодуючи не так про непоправну втрату часу, витраченого на цю роботу, як про втрату такого скарбу.
Після цього преподобний Никодим разом із Сильвестром Кесарійським провів деякий час у келії святого Василія, де колись жив святий Феофіл Мироточивий (пам'ять 8 липня), а потім знову став жити на самоті і продовжив свої апостольські праці. Одягнений у лахміття і взутий у грубі черевики, він вважав себе останнім із усіх. Він ніколи не готував собі жодних страв і їв лише варений рис або мед, розведений водою, кілька оливок і трохи розмочених бобів. Якщо голод надто сильно мучив преподобного Никодима, він приходив до сусідів і трапезував з ними, але зазвичай захоплювався розмовою і забував про їжу. Його бачили зайнятим лише двома справами: молитвою та вченими працями. Будь-якої години дня й ночі його можна було знайти або згорбленим над книгою або писемним приладдям, або з головою, схиленою на груди, що зводить розум у глибину серця, щоб звідти з старанністю закликати святе ім'я Ісусове.
Він весь ставав молитвою, і саме завдяки цьому таємному єднанню з Христом Божественна благодать вклала в його серце весь скарб Церкви. Коли преподобний Никодим писав, він повністю поринав у роботу. Одного разу до нього зайшов якийсь чернець і, заставши його за роботою, вклав йому в рот шматочок свіжого хліба. Увечері він знову зайшов і побачив преподобного Никодима в тій самій позі, з шматком хліба в роті, наче він нічого не помітив.
У цей час преподобний Никодим написав великий коментар до Послань апостола Павла, виходячи з тлумачення блаженного Феофілакта Болгарського, доповнивши його також коментарем до соборних послань. Він написав і тлумачення до дев'яти біблійних пісень, під назвою «Сад благодатний», і переклав «Тлумачення на Псалтир» Євфимія Зигавіна. Як і у всіх інших своїх працях, у цих творах преподобний Никодим аж ніяк не обмежувався простим перекладом. Беручи як основу і спрямовуючи один із прийнятих Церквою коментарів, він доповнював його своїми широкими примітками, насичував свідченнями інших отців Церкви про безліч різних питань.
Наче невичерпне джерело, він видавав і вибрані житія древніх святих («Неон Еклогіон» – «Новий Ізборник»), і «Новий Мартирологій» – збірка житій новомучеників, щоб підтримувати віру християн, які пригнічують османський ярм. Завдяки цій збірці багато відступників звернулися та приєдналися до славного воїнства мучеників. Преподобний Никодим постійно дбав про виховання народу Божого і видав твір під назвою «Християнська благонравість» – чудовий виклад моральних настанов святого Іоанна Золотоуста.
Щодня багато хто з тих, хто був поранений гріхом або відступництвом, минаючи єпископів і духовників, витікали до капсальського подвижника, щоб знайти душевне зцілення і втіху. Не лише ченці, а й миряни приходили до преподобного Никодима здалеку. Святий незабаром почав нарікати на те, що не може вдаватися до бажаної йому молитви, і знову хотів піти в безлюдне, нікому не відоме місце. Проте хвороба завадила йому здійснити цей намір.