Након што је годину дана провео на Скиропулу, монах Никодим се вратио на Атос, замонашио се у велику схиму и настанио се у келији свете Теоне у Капсали. Пристао је да узме ученика Јеротеја и са још већим жаром се посветио раду на књигама и поучавању браће која су се населила око њега како би се придружила његовој мудрости.
Убрзо је свети Макарије Коринтски поново дошао на Атос. Он је задужио светог Никодима да припреми превод целокупног зборника дела Светог Симеона Новог Богослова. У уводу ове књиге, која је садржала дубока упутства о созерцању, свети Никодим појашњава да су овакви списи намењени не само монасима, већ и мирјанима, јер су сви хришћани позвани на јеванђелско савршенство. Затим је монах Никодим саставио „Егзомологитаријум“, односно „Путевод за исповест“ и јединствену збирку канона Богородици за сваки глас и за сваки дан у недељи за певање на крају вечерње или на свети у манастирима.
Поред многих других литургијских текстова, објавио је два дела у то време, која су биле адаптиране верзије два позната западна духовна дела: Невидљиво ратовање Лоренца Скуполија (1589) и Духовне вежбе, које су наставиле да уживају континуирани успех. Ове књиге никако нису једноставни преводи; дубоко их је преправио свети подвижник, који их је допунио беспрекорним упутствима о покајању, подвигу и Исусовој молитви.
У међувремену, „Најкориснија књига непрекидног причешћа“ изазвала је оштро одбијање међу монасима, који су бранили обичај да се причешћују само три или четири пута годишње, што је у супротности са светим канонима и апостолским Предањем. Књигу је оптужио за новоизмишљену јерес и осудио патријарх Прокопије. Али када је Неофит ВИИ преузео патријаршијски престо (1789), забрана је укинута, а Коливади су препознати као прави браниоци светог Предања. Ипак, грубе и апсурдне клевете на рачун Светог Никодима наставиле су да се шире у неким монашким круговима. Чак су га оптуживали да је, наводно, сакрио Свете Дарове у своју скуфу како би се могао причестити у ходу. Али светитељ је више волео да ћути, очекујући оправдање само од Бога, и са сузама се молио за обраћење оних који су грешили око помена мртвих недељом.
Јеромонах Агапије са Пелопонеза је дошао на Атос и позвао светог Никодима да прегледа и преведе зборник светих канона који је припремио, проширујући коментаре на њега. Светитељ, коме су живот и поредак у Цркви били вреднији од сопственог живота, са ревношћу се дао на посао. Чак је узео четири писара да брзо заврше ову неопходну збирку, коју је назвао „Кормилар“ („Пидалион“). Више од две године монах Никодим је даноноћно радио, сакупљајући, упоређујући, исправљајући погрешне или противречне текстове, наводећи паралеле из уредби Васељенских Сабора, Отаца Цркве и византијског грађанског законодавства, обогаћујући дело огромним бројем белешки које су давале прецизне критеријуме за примену ових црквених закона. Завршена збирка послата је у Цариград, али је морао дуго да чека на патријархов благослов. Тада су се сви светогорски монаси претплатили на ову књигу, преносећи средства. Потом је зборник предат јеромонаху Теодориту, који се налазио у Румунији, на објављивање.
Али он је био противник коливада и честог причешћивања и по сопственом нахођењу уносио је исправке у „Пидалион“, нарушавајући ауторову намеру и црквено Предање. Књига је објављена у Лајпцигу 1800. године. Када је пала у руке монаха Никодима, он се дубоко увредио и узвикнуо: „Боље би било да ме удари мачем право у срце него што је додао или скратио било шта у овој књизи!“
У исто време до светог Никодима је стигла вест да је рукопис целокупне збирке дела Светог Григорија Паламе (14. новембра), који је са великом муком прикупио и бележио он на захтев светог Атанасија Паријског (24. јуна) и митрополита Илиопољског Лава, заробљен и уништен у једној вијенској кући. То се догодило јер су Аустријанци тражили „Манифест” Рига Фереоса који је позвао Грке на устанак против Турака. Ова вест погоди светог Никодима, и он проли потоке суза, жалећи не толико због ненадокнадивог губитка времена утрошеног на ово дело, колико због губитка таквог блага.
После овога, монах Никодим, заједно са Силвестром Кесаријским, провео је неко време у келији светог Василија, где је некада (8. јула) живео свети Теофил Мироточиви, а затим поново почео да живи у самоћи и наставио своје апостолске трудове. Обучен у крпе и у грубим ципелама, сматрао је себе последњим од свих. Никада себи није спремао храну и јео је само кувани пиринач или мед разблажен водом, неколико маслина и неколико натопљеног пасуља. Ако је глад превише мучила монаха Никодима, долазио би код својих суседа и јео са њима, али би се обично одмах заносио у разговору и заборављао на храну. Видели су га заузетог само двема стварима: молитвом и научним радом. У свако доба дана или ноћи могао се наћи или погнут над књигом или прибором за писање, или са погнутом главом на грудима, спуштајући ум у дубину свог срца, одатле са ревношћу да призива свето име Исусово.
Постао је потпуно молитвен, и управо је захваљујући том интимном јединству са Христом Божанска благодат ставила у његово срце целокупно благо Цркве. When the Monk Nicodemus wrote, he completely immersed himself in his work. One day a certain monk came to him and, finding him at work, put a piece of fresh bread into his mouth. Увече поново уђе и угледа монаха Никодима у истом положају, са комадом хлеба у устима, као да ништа није приметио.
У то време монах Никодим је написао опширан коментар на посланице апостола Павла, заснован на тумачењу блаженог Теофилакта Бугарског, додајући и коментар на саборне посланице. Написао је и тумачење девет библијских песама под називом „Башта благодати“ и превео „Тумачење псалтира“ Јевфимија Жигавина. Као и у свим другим својим делима, и у овим списима монах Никодим се уопште није ограничавао на једноставан превод. Узевши за основу и путоказ један од коментара које је Црква прихватила, допунио га је својим опширним белешкама, засећивши га сведочењима других црквених отаца о многим различитим питањима.
Као непресушни извор, објавио је одабрана житија древних светаца („Неонски еклогион” – „Нови изборник”), и „Нови мартирологиј” – збирку житија новомученика за подршку вери хришћана потлачених османским јармом. Захваљујући овој збирци многи отпадници су се преобратили и придружили славној мученичкој војсци. Монах Никодим се непрестано старао о образовању народа Божијег и објавио је есеј под насловом „Хришћански добар морал“ – изванредно излагање моралних поука Светог Јована Златоустог.
Свакодневно су многи од оних који су били рањени грехом или отпадништвом, заобилазећи епископе и исповеднике, хрлили ка Капсалском подвижнику да нађу духовно исцељење и утеху. Никодиму су издалека долазили не само монаси, већ и мирјани. Светитељ је убрзо почео да се жали да не може да се препусти молитви коју је желео, и опет је желео да се повуче у никоме непознато место. Међутим, болест га је спречила да оствари ову намеру.