Po roku strávenom na Skiropouli sa mních Nikodém vrátil na Athos, zložil mníšske sľuby do veľkej schémy a usadil sa v cele svätej Theony v Kapsale. Súhlasil, že prijme študenta Hierothea a s ešte väčším zápalom sa venoval práci na knihách a poučovaniu bratov, ktorí sa usadili okolo neho, aby sa pridali k jeho múdrosti.
Čoskoro svätý Makarius z Korintu opäť prišiel na Athos. Poveril svätého Nikodéma, aby pripravil preklad kompletnej zbierky diel sv. Simeona Nového teológa. Svätý Nikodém v úvode tejto knihy, ktorý obsahoval hlboké pokyny o kontemplácii, objasňuje, že takéto spisy nie sú určené len mníchom, ale aj laikom, pretože všetci kresťania sú povolaní k evanjeliovej dokonalosti. Potom mních Nikodém zostavil „Exomologitarium“, to znamená „Sprievodcu spoveďou“ a jedinečnú zbierku kánonov k Matke Božej pre každý hlas a pre každý deň v týždni na spev na konci vešpier alebo na kompletóriu v kláštoroch.
Okrem mnohých iných liturgických textov vydal v tom čase dve diela, ktoré boli adaptovanými verziami dvoch slávnych západných duchovných diel: Neviditeľný boj Lorenza Scupoliho (1589) a Duchovné cvičenia, ktoré sa tešia stálemu úspechu. Tieto knihy nie sú v žiadnom prípade jednoduchými prekladmi; boli hlboko prepracované svätým askétom, ktorý ich doplnil o dokonalé pokyny o pokání, asketizme a Ježišovej modlitbe.
Medzitým „Najužitočnejšia kniha ustavičného prijímania“ vyvolala ostré odmietnutie medzi mníchmi, ktorí obhajovali zvyk prijímať sväté prijímanie iba tri alebo štyrikrát do roka, čo je v rozpore so svätými kánonmi a apoštolskou tradíciou. Kniha bola obvinená z novovynájdenej herézy a odsúdená patriarchom Prokopiom. Keď však Neophyte VII nastúpil na patriarchálny trón (1789), zákaz bol zrušený a Kollyvadovci boli uznaní za skutočných obrancov posvätnej Tradície. Napriek tomu sa v niektorých kláštorných kruhoch naďalej šírilo hrubé a absurdné ohováranie svätého Nikodéma. Dokonca ho obvinili, že údajne ukryl Sväté dary vo svojej skufe, aby mohol na cestách prijímať sväté prijímanie. Ale svätec radšej mlčal, čakal ospravedlnenie len od Boha a so slzami sa modlil za obrátenie tých, ktorí sa mýlili v nedeľnej spomienke na zosnulých.
Hieromonk Agapius z Peloponézu prišiel na Athos a pozval svätého Nikodéma, aby skontroloval a preložil zbierku svätých kánonov, ktorú pripravil, a rozšíril k nej komentáre. Svätec, pre ktorého bol život a poriadok v Cirkvi cennejší ako jeho vlastný život, sa pustil do práce s horlivosťou. Dokonca si vzal štyroch pisárov, aby rýchlo dokončili túto potrebnú zbierku, ktorú nazval „Komidelník“ („Pidalion“). Viac ako dva roky pracoval mních Nikodém vo dne v noci, zbieral, porovnával, opravoval chybné alebo protirečivé texty, citoval paralely z dekrétov ekumenických koncilov, cirkevných otcov a byzantského občianskeho zákonodarstva, obohacoval dielo o obrovské množstvo poznámok, ktoré poskytovali presné kritériá pre aplikáciu týchto kánonov v živote Cirkvi. Dokončenú zbierku poslali do Konštantínopolu, no na patriarchovo požehnanie musel dlho čakať. Potom si túto knihu predplatili všetci athonitskí mnísi a previedli finančné prostriedky. Potom bola zbierka odovzdaná na vydanie Hieromonkovi Theodoretovi, ktorý bol v Rumunsku.
Bol však odporcom kolíád a častého prijímania a podľa vlastného uváženia zaviedol opravy do „Pidalionu“, čím skreslil autorov zámer a cirkevnú tradíciu. Kniha vyšla v Lipsku v roku 1800. Keď sa dostala do rúk mnícha Nikodéma, bol hlboko urazený a zvolal: „Bolo by lepšie, keby ma udrel mečom priamo do srdca, ako čokoľvek v tejto knihe pridať alebo skrátiť!“
V tom istom čase sa k svätému Nikodémovi dostala správa, že rukopis kompletnej zbierky diel svätého Gregora Palamasa (14. november), ktorý na žiadosť svätého Atanázia z Parie (24. júna) a metropolitu Leva z Iliopolisu s veľkými problémami zozbieral a anotoval, bol zajatý a zničený vo viedenskej tlačiarni. Stalo sa tak preto, lebo Rakúšania hľadali „Manifest“ Rigas Fereos, ktorý vyzýval Grékov k povstaniu proti Turkom. Táto správa zasiahla svätého Nikodéma a prelial potoky sĺz, ľutoval nie tak nenapraviteľnú stratu času stráveného týmto dielom, ale stratu takého pokladu.
Potom mních Nikodém spolu so Silvestrom z Cézarey strávil nejaký čas v cele svätého Bazila, kde kedysi žil sv. Teofil z Myrhového prúdu (8. júla), a potom opäť začali žiť v samote a pokračovali vo svojich apoštolských prácach. Oblečený v handrách a v hrubých topánkach sa považoval za posledného zo všetkých. Nikdy si pre seba nepripravoval žiadne jedlo a jedol len uvarenú ryžu alebo med zriedený vodou, pár olív a pár namočených fazúľ. Ak hlad príliš sužoval mnícha Nikodéma, prišiel k susedom a jedol s nimi, ale zvyčajne sa okamžite nechal strhnúť v rozhovore a zabudol na jedlo. Bolo vidieť, že je zaneprázdnený iba dvoma vecami: modlitbou a vedeckými prácami. V ktorúkoľvek dennú alebo nočnú hodinu ho bolo možné nájsť zohnutého nad knihou alebo písacím náradím, alebo so sklonenou hlavou na hrudi, pričom myseľ zaniesla do hĺbky svojho srdca, odtiaľ s horlivosťou vzývať sväté meno Ježiš.
Stal sa úplne modlitebným a práve vďaka tejto dôvernej jednote s Kristom mu Božia milosť vložila do srdca celý poklad Cirkvi. Keď mních Nikodém písal, úplne sa ponoril do svojej práce. Jedného dňa k nemu prišiel istý mních a keď ho našiel v práci, vložil mu do úst kúsok čerstvého chleba. Večer opäť vošiel a videl mnícha Nikodéma v rovnakej polohe s kúskom chleba v ústach, akoby si nič nevšimol.
V tom čase mních Nikodém napísal rozsiahly komentár k Listom apoštola Pavla, ktorý vychádzal z výkladu blahoslaveného Teofylakta Bulharska a pridal aj komentár ku koncilovým listom. Napísal tiež interpretáciu deviatich biblických piesní s názvom „Záhrada milosti“ a preložil „Výklad žaltára“ od Evfimyho Zigavina. Ako vo všetkých svojich iných dielach, ani v týchto spisoch sa mních Nikodém vôbec neobmedzil na jednoduchý preklad. Vychádzajúc z jedného z komentárov prijatých Cirkvou a ako vodidlo, doplnil ho svojimi rozsiahlymi poznámkami a nasýtil ho svedectvami iných cirkevných otcov o mnohých rôznych otázkach.
Ako nevyčerpateľný zdroj publikoval vybrané životy starých svätých („Neon Eclogion“ – „Nový Izbornik“) a „Nové martyrológium“ – zbierku životov nových mučeníkov na podporu viery kresťanov utláčaných osmanským jarmom. Vďaka tejto zbierke sa mnohí odpadlíci obrátili a pridali sa k slávnej armáde mučeníkov. Mních Nikodém sa neustále staral o výchovu Božieho ľudu a publikoval esej s názvom „Kresťanská dobrá morálka“ – pozoruhodný výklad morálnych pokynov sv. Jána Zlatoústeho.
Každý deň sa mnohí z tých, ktorí boli zranení hriechom alebo odpadlíctvom, obchádzali biskupov a spovedníkov, hrnúli do Kapsalského askétu, aby našli duchovné uzdravenie a útechu. K svätému Nikodémovi prichádzali z diaľky nielen mnísi, ale aj laici. Svätý sa čoskoro začal sťažovať, že sa nemôže oddať modlitbe, po ktorej túžil, a opäť sa chcel utiahnuť na nikým neznáme opustené miesto. V realizácii tohto zámeru mu však zabránila choroba.