Po roku spędzonym na Skiropoul, mnich Nikodem powrócił na Athos, złożył śluby zakonne w wielkim schemacie i osiadł w celi św. Teony w Kapsali. Zgodził się przyjąć ucznia Hierotheusa i z jeszcze większym zapałem poświęcił się pracy nad księgami i nauczaniu otaczających go braci, aby mogli przyłączyć się do jego mądrości.
Wkrótce św. Makary z Koryntu ponownie przybył na Athos. Polecił św. Nikodemowi przygotowanie tłumaczenia całego zbioru dzieł św. Symeona Nowego Teologa. We wstępie do tej księgi, zawierającym głębokie wskazówki dotyczące kontemplacji, św. Nikodem wyjaśnia, że pisma te są przeznaczone nie tylko dla mnichów, ale także dla świeckich, gdyż wszyscy chrześcijanie powołani są do doskonałości ewangelicznej. Następnie mnich Nikodem sporządził „Egzomologitarium”, czyli „Przewodnik do spowiedzi” oraz unikalny zbiór kanonów do Matki Bożej na każdy głos i na każdy dzień tygodnia do śpiewania na zakończenie Nieszporów lub w Kompletie w klasztorach.
Oprócz wielu innych tekstów liturgicznych opublikował wówczas dwa dzieła, które były adaptacją dwóch słynnych zachodnich dzieł duchowych: Niewidzialnej wojny Lorenza Scupoliego (1589) i Ćwiczeń duchownych, które nadal cieszą się niesłabnącym powodzeniem. Książki te nie są bynajmniej prostymi tłumaczeniami; zostały one głęboko zrewidowane przez świętego ascetę, który uzupełnił je nienagannymi wskazówkami dotyczącymi pokuty, ascezy i Modlitwy Jezusowej.
Tymczasem „Najpomocniejsza Księga Komunii ciągłej” wzbudziła ostre odrzucenie wśród mnichów, którzy bronili zwyczaju przyjmowania Komunii tylko trzy lub cztery razy w roku, co jest sprzeczne ze świętymi kanonami i Tradycją apostolską. Książka została oskarżona o nowo wynalezioną herezję i potępiona przez patriarchę Prokopiusa. Kiedy jednak neofita VII objął tron patriarchalny (1789), zakaz został zniesiony, a Kollyvadów uznano za prawdziwych obrońców świętej Tradycji. Niemniej jednak w niektórych kręgach monastycznych w dalszym ciągu szerzyły się rażące i absurdalne oszczerstwa pod adresem św. Nikodema. Zarzucano mu nawet, że rzekomo ukrywał Święte Dary w swojej skufie, aby móc przyjmować komunię w drodze. Święty jednak wolał milczeć, oczekując jedynie usprawiedliwienia od Boga i ze łzami w oczach modlił się o nawrócenie tych, którzy mylili się co do niedzielnego wspominania zmarłych.
Hieromonk Agapius z Peloponezu przybył na Athos i zaprosił św. Nikodema, aby przejrzał i przetłumaczył przygotowany przez siebie zbiór świętych kanonów, rozszerzając do niego komentarze. Święty, dla którego życie i porządek w Kościele były cenniejsze niż własne życie, z zapałem zabrał się do pracy. Pozyskał nawet czterech skrybów, aby szybko ukończyć ten niezbędny zbiór, który nazwał „Sternikiem” („Pidalion”). Przez ponad dwa lata mnich Nikodem pracował dzień i noc, zbierając, porównując, poprawiając błędne lub sprzeczne teksty, powołując się na podobieństwa z dekretów Soborów Powszechnych, Ojców Kościoła i bizantyjskiego ustawodawstwa cywilnego, wzbogacając pracę ogromną liczbą notatek, które dostarczały precyzyjnych kryteriów stosowania tych kanonów w życiu Kościoła. Skompletowaną kolekcję wysłano do Konstantynopola, lecz na błogosławieństwo patriarchy trzeba było długo czekać. Następnie wszyscy mnisi atoniccy subskrybowali tę książkę, przekazując fundusze. Następnie zbiór przekazano przebywającemu w Rumunii Hieromonkowi Teodoretowi w celu publikacji.
Był jednak przeciwnikiem kolivad i częstej komunii i według własnego uznania wprowadził do „Pidalionu” poprawki, wypaczając intencję autora i Tradycję Kościoła. Książka została opublikowana w Lipsku w 1800 roku. Kiedy wpadła w ręce mnicha Nikodema, poczuł się on głęboko urażony i wykrzyknął: „Lepiej byłoby, gdyby mnie uderzył mieczem prosto w serce, niż dodał lub skrócił cokolwiek w tej księdze!”
W tym samym czasie do św. Nikodema dotarła wieść, że rękopis całego zbioru dzieł św. Grzegorza Palamasa (14 listopada), zebranego i opatrzonego przez niego z wielkim trudem na zlecenie św. Atanazego z Parii (24 czerwca) i metropolity Leona z Iliopolis, został zdobyty i zniszczony w wiedeńskiej drukarni. Stało się tak, ponieważ Austriacy poszukiwali „Manifestu” Rigas Fereos, który wzywał Greków do buntu przeciwko Turkom. Ta wiadomość uderzyła św. Nikodema, który zalał się potokami łez, żałując nie tyle nieodwracalnej straty czasu poświęconego na to dzieło, ale utraty takiego skarbu.
Następnie mnich Nikodem wraz z Sylwestrem z Cezarei spędzili trochę czasu w celi św. Bazylego, gdzie niegdyś mieszkał św. Teofil Mirra Strumień (8 lipca), a następnie ponownie zaczął żyć w samotności i kontynuował swoją pracę apostolską. Ubrany w łachmany i szorstkie buty, uważał się za ostatniego ze wszystkich. Nigdy nie przygotowywał dla siebie żadnego jedzenia, jadł tylko gotowany ryż lub miód rozcieńczony wodą, kilka oliwek i kilka namoczonej fasoli. Jeśli głód dokuczał zbytnio mnichowi Nikodemowi, przychodził do sąsiadów i jadał z nimi, ale zazwyczaj od razu dawał się ponieść rozmowie i zapominał o jedzeniu. Widziano go zajętego tylko dwiema sprawami: modlitwą i pracą naukową. O każdej porze dnia i nocy można go było spotkać albo pochylonego nad księgą lub przyborami do pisania, albo z głową pochyloną na piersi, spuszczającą umysł w głąb serca, aby stamtąd z zapałem wzywać świętego imienia Jezusa.
Stał się całkowicie pomodlony i właśnie dzięki tej intymnej jedności z Chrystusem łaska Boża umieściła w jego sercu cały skarb Kościoła. Kiedy mnich Nikodem pisał, całkowicie pogrążył się w swojej pracy. Któregoś dnia przyszedł do niego pewien mnich i zastając go przy pracy, włożył mu do ust kawałek świeżego chleba. Wieczorem przyszedł ponownie i zobaczył mnicha Nikodema w tej samej pozycji, z kawałkiem chleba w ustach, jakby niczego nie zauważył.
W tym czasie mnich Nikodem napisał obszerny komentarz do Listów apostoła Pawła, oparty na interpretacji Błogosławionego Teofilakta Bułgarskiego, dodając także komentarz do listów soborowych. Napisał także interpretację dziewięciu pieśni biblijnych zatytułowaną „Ogród łaski” i przetłumaczył „Interpretację psałterza” Evfimy'ego Zigavina. Jak we wszystkich innych swoich dziełach, także i w tych pismach mnich Nikodem nie poprzestał na prostym tłumaczeniu. Opierając się na jednym z komentarzy przyjętych przez Kościół, uzupełnił go swoimi obszernymi notatkami, nasycając go świadectwami innych ojców Kościoła na różne tematy.
Niczym niewyczerpane źródło publikował wybrane żywoty starożytnych świętych („Neon Eclogion” – „Nowy Izbornik”) oraz „Nową Martyrologię” – zbiór żywotów nowych męczenników na rzecz wsparcia wiary chrześcijan uciskanych jarzmem osmańskim. Dzięki tej zbiórce wielu apostatów nawróciło się i dołączyło do chwalebnej armii męczenników. Mnich Nikodem nieustannie troszczył się o wychowanie ludu Bożego i opublikował esej zatytułowany „Dobra moralność chrześcijańska” – niezwykłe przedstawienie pouczeń moralnych św. Jana Chryzostoma.
Każdego dnia wielu zranionych grzechem lub apostazją, omijając biskupów i spowiedników, przybywało do ascety Kapsal, aby znaleźć duchowe uzdrowienie i pocieszenie. Do św. Nikodema z daleka przybywali nie tylko mnisi, ale także świeccy. Święty wkrótce zaczął narzekać, że nie może odmówić upragnionej modlitwy i ponownie chciał udać się w nieznane nikomu opuszczone miejsce. Jednak choroba uniemożliwiła mu realizację tego zamierzenia.