Откако поминал една година на Скиропул, монахот Никодим се вратил во Атон, зел монашки завети во големата шема и се сместил во ќелијата на Света Теона во Капсала. Тој се согласи да земе ученик, Јеротеј, и со уште поголема ревност се посвети на работа на книги и поучување на браќата кои се населиле околу него за да се придружат во неговата мудрост.
Наскоро свети Макариј Коринтски повторно дојде на Атон. Тој му наложи на свети Никодим да подготви превод на комплетната збирка дела на свети Симеон Нов Богослов. Во воведот на оваа книга, која содржела длабоки упатства за созерцание, свети Никодим појаснува дека таквите списи се наменети не само за монасите, туку и за мирјаните, за сите христијани кои се повикани на евангелско совршенство. Потоа монахот Никодим го составил „Егзомологитариум“, односно „Водич за исповед“ и уникатна збирка канони за Богородица за секој глас и за секој ден од седмицата за пеење на крајот на Вечерната или на комплина во манастирите.
Покрај многу други литургиски текстови, тој објави две дела во тоа време, кои беа адаптирани верзии на две познати западни духовни дела: Невидливото војување на Лоренцо Скуполи (1589) и Духовните вежби, кои продолжија да уживаат континуиран успех. Овие книги во никој случај не се едноставни преводи; тие беа длабоко ревидирани од светиот подвижник, кој ги надополни со беспрекорни упатства за покајанието, подвигот и Исусовата молитва.
Во меѓувреме, „Најкорисната книга на континуирано причестување“ предизвика остро отфрлање кај монасите, кои го бранеа обичајот да се причестуваат само три или четири пати годишно, што е во спротивност со светите канони и апостолското предание. Книгата беше обвинета за ново измислена ерес и осудена од патријархот Прокопиј. Но, кога Неофит VII го презеде патријаршискиот трон (1789), забраната беше укината, а Коливадите беа препознаени како вистински бранители на светото Предание. Сепак, во некои монашки кругови продолжи да се шири груба и апсурдна клевета против свети Никодим. Тој дури беше обвинет дека наводно ги криел Светите дарови во неговата скуфа за да може да се причестува во движење. Но, светителот претпочиташе да молчи, чекајќи оправдување само од Бога, и со солзи се молеше за преобраќање на оние кои беа во заблуда во врска со одбележувањето на мртвите во недела.
Јеромонахот Агапиј од Пелопонез дошол на Атон и го покани свети Никодим да го разгледа и преведе зборникот на светите канони што ги подготвил, проширувајќи ги коментарите на него. Светецот, за кого животот и редот во Црквата биле повредни од неговиот живот, со ревност тргнал да работи. Тој дури зеде четворица книжници за брзо да ја завршат оваа неопходна збирка, која ја нарече „Кочалник“ („Пидалион“). Монахот Никодим повеќе од две години работеше дење и ноќе, собирајќи, споредувајќи, поправајќи погрешни или контрадикторни текстови, наведувајќи паралели од уредбите на Вселенските собори, отците на црквата и византиското граѓанско законодавство, збогатувајќи го делото со огромен број белешки кои давале прецизни критериуми за примената на овие цркви. Завршената колекција била испратена во Цариград, но тој морал долго да чека за благословот на патријархот. Тогаш сите светогорски монаси се претплатија на оваа книга, префрлајќи средства. Потоа збирката му била предадена на печатење на јеромонахот Теодорит, кој бил во Романија.
Но, тој беше противник на судирите и честото причестување и, по своја дискреција, воведе корекции во „Пидалион“, искривувајќи ја намерата на авторот и црковната традиција. Книгата е објавена во Лајпциг во 1800 година. Кога паднала во рацете на монахот Никодим, тој бил длабоко навреден и извикал: „Подобро би било да ме удри со меч право во срцето отколку да додаде или скрати нешто во оваа книга!
Во исто време, до свети Никодим стигна веста дека ракописот од комплетната збирка дела на свети Григориј Палама (14 ноември), собран и забележан со голема тешкотија од него на барање на свети Атанасиј Париски (24 јуни) и митрополитот Лав Илиополски, бил фатен и уништен во една виенска печатница. Тоа се случило затоа што Австријците го барале „Манифестот“ на Ригас Фереос, кој ги повикувал Грците да се побунат против Турците. Оваа вест го погоди свети Никодим и тој пролеа солзи, жалејќи не толку за непоправливата загуба на времето потрошено на оваа работа, туку за губењето на таквото богатство.
По ова, монахот Никодим, заедно со Силвестер Кесариски, помина извесно време во ќелијата на свети Василиј, каде што некогаш живееше свети Теофил Мироток (8 јули), а потоа повторно почна да живее во осаменост и продолжи со своите апостолски подвизи. Облечен во партали и облечен во груби чевли, се сметаше себеси за последен од сите. Никогаш не приготвуваше храна за себе и јадеше само варен ориз или мед разреден со вода, неколку маслинки и неколку натопени гравчиња. Ако гладот премногу го мачеше монахот Никодим, тој доаѓаше кај соседите и јадеше со нив, но обично веднаш се занесуваше во разговорот и забораваше на храната. Бил зафатен само со две работи: молитва и научни дела. Во кој било час од денот или ноќта можеше да се најде или наведнат над книга или на алатки за пишување, или со наведната глава на градите, спуштајќи го умот во длабочините на своето срце, оттаму со ревност да го повикува светото име на Исус.
Тој стана целосно молитвен и токму благодарение на ова интимно единство со Христа, Божествената благодат го стави во неговото срце целото богатство на Црквата. Кога пишувал монахот Никодим, тој целосно се навлекол во своето дело. Еден ден дошол кај него некој монах и, кога го нашол на работа, му ставил парче свеж леб во устата. Вечерта пак влезе и го виде монахот Никодим во истата положба, со парче леб во устата, како ништо да не забележал.
Во тоа време, монахот Никодим напиша опширен коментар на Посланијата на апостол Павле, врз основа на толкувањето на блажениот Теофилакт Бугарски, додавајќи и коментар на соборните посланија. Тој исто така напиша интерпретација на девет библиски песни, насловени „Градината на благодатта“ и ја преведе „Толкување на псалтирот“ од Евфими Зигавин. Како и во сите други негови дела, така и во овие записи монахот Никодим воопшто не се ограничувал на едноставен превод. Земајќи го за основа и водич еден од коментарите прифатени од Црквата, тој го дополнил со своите опширни белешки, заситувајќи го со сведоштвата на другите црковни отци за многу различни прашања.
Како неисцрпен извор, тој објави избрани житија на антички светци („Неонска еклогион“ - „Нов Изборник“) и „Нова маченица“ - збирка на житијата на новомачениците за поддршка на верата на христијаните угнетени од османлискиот јарем. Благодарение на оваа збирка, многу отпадници се обратија и се приклучија на славната војска на мачениците. Монахот Никодим постојано се грижел за образованието на Божјиот народ и објавувал есеј со наслов „Христијански добар морал“ - извонреден излагање на моралните упатства на свети Јован Златоуст.
Секојдневно, многумина од оние кои беа ранети од грев или отпадништво, заобиколувајќи ги епископите и исповедниците, се собираа кај подвижникот Капсал за да најдат духовно исцеление и утеха. Кај свети Никодим оддалеку доаѓаа не само монаси, туку и мирјани. Набргу светителот почнал да се жали дека не може да се препушти на молитвата што ја посакува и повторно сакал да се повлече во напуштено место непознато за никого. Меѓутоа, болеста го спречила да ја реализира оваа намера.