სკიროპულში ერთი წლის გატარების შემდეგ ბერი ნიკოდიმე დაბრუნდა ათონში, აიღო სამონასტრო აღთქმა დიდ სქემაში და დასახლდა წმინდა თეონას კელიაში კაფსალაში. იგი დათანხმდა მოსწავლის, იეროთეუსის მიღებას და კიდევ უფრო დიდი მონდომებით მიუძღვნა თავი წიგნებზე მუშაობას და მის გარშემო დასახლებულ ძმებს ასწავლიდა, რათა შეერთებოდნენ მის სიბრძნეს.
მალე წმინდა მაკარი კორინთელი კვლავ მოვიდა ათონზე. მან წმინდა ნიკოდიმოსს დაავალა წმინდა სიმეონ ახალი ღვთისმეტყველის თხზულებათა სრული კრებულის თარგმანის მომზადება. ამ წიგნის შესავალში, რომელიც შეიცავს ღრმა ინსტრუქციებს ჭვრეტის შესახებ, წმინდა ნიკოდიმოსი განმარტავს, რომ ასეთი თხზულებები განკუთვნილია არა მხოლოდ ბერებისთვის, არამედ საეროებისთვისაც, რადგან ყველა ქრისტიანი მოწოდებულია ევანგელურ სრულყოფილებამდე. შემდეგ ბერმა ნიკოდიმოსმა შეადგინა "Exomologitarium", ანუ "აღსარების გზამკვლევი" და ღვთისმშობლის კანონების უნიკალური კრებული თითოეული ხმისა და კვირის ყოველი დღისთვის, საღამოს დასასრულს ან მონასტრებში გალობისთვის.
მრავალი სხვა ლიტურგიკული ტექსტის გარდა, მან იმ დროს გამოაქვეყნა ორი ნაშრომი, რომლებიც იყო ორი ცნობილი დასავლური სულიერი ნაწარმოების ადაპტირებული ვერსიები: ლორენცო სკუპოლის უხილავი ომი (1589) და სულიერი წვრთნები, რომლებიც კვლავაც სარგებლობენ უწყვეტი წარმატებით. ეს წიგნები სულაც არ არის მარტივი თარგმანები; ისინი ღრმად გადაიხედა წმინდა ასკეტის მიერ, რომელმაც შეავსო ისინი უნაკლო მითითებებით მონანიების, ასკეტიზმისა და იესოს ლოცვის შესახებ.
იმავდროულად, „უწყვეტი ზიარების ყველაზე დამხმარე წიგნმა“ მკვეთრი უარყოფა გამოიწვია ბერებში, რომლებიც იცავდნენ ზიარების ჩვეულებას წელიწადში მხოლოდ სამ-ოთხჯერ, რაც ეწინააღმდეგება წმიდა კანონებსა და სამოციქულო ტრადიციას. წიგნი ახლად გამოგონილ ერესში დაადანაშაულა და პატრიარქმა პროკოპიმ დაგმო. მაგრამ როდესაც ნეოფიტე VII-მ აიღო საპატრიარქო ტახტი (1789), აკრძალვა მოიხსნა და კოლივადები წმინდა ტრადიციის ნამდვილ დამცველებად აღიარეს. მიუხედავად ამისა, ზოგიერთ სამონასტრო წრეში კვლავ გავრცელდა უხეში და აბსურდული ცილისწამება წმინდა ნიკოდიმოსის მიმართ. მას ბრალად ედებოდათ თითქოსდა დამალული წმინდა ძღვენი თავის სკუფაში, რათა გზაში ზიარება მიეღო. მაგრამ წმიდანმა გაჩუმება ამჯობინა, მხოლოდ ღვთისგან გამართლებას ელოდა და ცრემლებით ლოცულობდა მოქცევისთვის, ვინც შეცდომით იყო მიცვალებულთა ხსენების დღე კვირაობით.
პელოპონესელი იერონონი აღაპიუსი მივიდა ათონზე და მიიწვია წმიდა ნიკოდიმე, რათა განეხილა და ეთარგმნა მის მიერ მომზადებული წმიდა კანონთა კრებული, გააფართოვა მასზე კომენტარები. წმინდანი, რომლისთვისაც ეკლესიაში ცხოვრება და წესრიგი საკუთარ სიცოცხლეზე უფრო ღირებული იყო, მონდომებით შეუდგა მუშაობას. მან ოთხი მწიგნობარიც კი წაიყვანა, რათა სწრაფად დაემთავრებინა ეს აუცილებელი კრებული, რომელსაც უწოდა "მძღოლი" ("პიდალიონი"). ბერი ნიკოდიმოსი ორ წელზე მეტი ხნის განმავლობაში მუშაობდა დღე და ღამე, აგროვებდა, ადარებდა, ასწორებდა მცდარ ან წინააღმდეგობრივ ტექსტებს, პარალელებს ასახელებდა მსოფლიო კრებების, ეკლესიის მამების და ბიზანტიის სამოქალაქო კანონმდებლობის დადგენილებებიდან, ამდიდრებდა ნაშრომს დიდი რაოდენობით შენიშვნებით, რომლებიც ადგენდნენ ამ ეკლესიის ცხოვრების ზუსტ კრიტერიუმებს. დასრულებული კრებული კონსტანტინოპოლში გაგზავნეს, მაგრამ პატრიარქის ლოცვა-კურთხევას დიდხანს მოუწია ლოდინი. შემდეგ ყველა ათონელმა ბერმა გამოიწერა ეს წიგნი, გადარიცხა სახსრები. შემდეგ კრებული გამოსაცემად გადაეცა რუმინეთში მყოფ იერონონ თეოდორეტს.
მაგრამ ის იყო კოლივადების და ხშირი ზიარების მოწინააღმდეგე და, საკუთარი შეხედულებისამებრ, შემოიღო შესწორებები „პიდალიონში“, ამახინჯებდა ავტორის განზრახვას და საეკლესიო ტრადიციას. წიგნი გამოიცა ლაიფციგში 1800 წელს. როდესაც ის ბერი ნიკოდიმოსს ხელში ჩაუვარდა, იგი ღრმად შეურაცხყოფა მიაყენა და წამოიძახა: „უმჯობესი იქნება, მახვილი პირდაპირ გულში დამარტყა, ვიდრე ამ წიგნში რაიმე დაემატებინა ან დამემოკლებინა!“
ამავდროულად, წმინდა ნიკოდიმოსს მოვიდა ინფორმაცია, რომ წმინდა გრიგოლ პალამას თხზულებათა სრული კრებულის ხელნაწერი (14 ნოემბერი), რომელიც მის მიერ დიდი გაჭირვებით იყო შეგროვებული და ანოტირებული წმინდა ათანასე პარიელის (24 ივნისი) და მიტროპოლიტი ლეო ილიოპოლისის თხოვნით, დაიჭირეს და განადგურდნენ ვიენის სტამბაში. ეს იმიტომ მოხდა, რომ ავსტრიელები ეძებდნენ რიგას ფერეოსის „მანიფესტს“, რომელიც ბერძნებს თურქების წინააღმდეგ აჯანყებისკენ მოუწოდებდა. ამ ამბავმა წმიდა ნიკოდიმეს დაარტყა და ცრემლების ნაკადულს მოჰფინა, ნანობდა არა იმდენად ამ საქმეზე დახარჯული დროის გამოუსწორებელ დაკარგვას, არამედ ასეთი განძის დაკარგვას.
ამის შემდეგ ბერი ნიკოდიმე სილვესტერ კესარიელთან ერთად გარკვეული დრო გაატარა წმინდა ბასილის კელიაში, სადაც ოდესღაც ცხოვრობდა წმიდა თეოფილე მირონმდინარი (8 ივლისი), შემდეგ კი ისევ განმარტოებით დაიწყო ცხოვრება და განაგრძო სამოციქულო მოღვაწეობა. ნაცარში გამოწყობილი და უხეში ფეხსაცმელი ეცვა, თავს ყველაფერზე უკანასკნელად თვლიდა. ის არასოდეს ამზადებდა საჭმელს თავისთვის და ჭამდა მხოლოდ მოხარშულ ბრინჯს ან წყალში გაზავებულ თაფლს, რამდენიმე ზეთისხილს და რამდენიმე გაჟღენთილ ლობიოს. თუ შიმშილი ზედმეტად აწამებდა ბერი ნიკოდიმეს, ის მიდიოდა მეზობლებთან და ჭამდა მათთან ერთად, მაგრამ, როგორც წესი, მაშინვე გაიტაცა საუბარში და დაივიწყებდა საჭმელს. ის მხოლოდ ორი საქმით იყო დაკავებული: ლოცვითა და სამეცნიერო საქმიანობით. დღისა და ღამის ნებისმიერ საათში ის შეიძლება აღმოჩენილიყო ან წიგნზე მოხრილი ან საწერი ხელსაწყოები, ან მკერდზე დახრილი თავით, გონებას გულის სიღრმეში ჩაჰქონდა, იქიდან იესოს წმინდა სახელის მოხმობით.
იგი მთლიანად ლოცვითი გახდა და ქრისტესთან ამ მჭიდრო ერთიანობის წყალობით ღვთაებრივმა მადლმა მის გულში ჩადო ეკლესიის მთელი საგანძური. როდესაც ბერი ნიკოდიმე წერდა, იგი მთლიანად ჩაეფლო თავის საქმეში. ერთ დღეს ვიღაც ბერი მივიდა მასთან და სამსახურში რომ იპოვა, ახალი პურის ნაჭერი პირში ჩაიდო. საღამოს ისევ შემოვიდა და დაინახა ბერი ნიკოდიმოსი იმავე მდგომარეობაში, პურის ნაჭერი პირში, თითქოს არაფერი შეემჩნია.
ამ დროს ბერმა ნიკოდიმემ დაწერა ვრცელი კომენტარი პავლე მოციქულის ეპისტოლეებზე, ნეტარი თეოფილაქტე ბულგარელის ინტერპრეტაციის საფუძველზე, ასევე დაამატა კომენტარი სამოციქულო ეპისტოლეებზე. მან ასევე დაწერა ცხრა ბიბლიური სიმღერის ინტერპრეტაცია, სახელწოდებით "მადლის ბაღი" და თარგმნა ევფიმი ზიგავინის "ფსალმუნის ინტერპრეტაცია". როგორც მის ყველა სხვა ნაშრომში, ამ თხზულებებშიც ბერი ნიკოდიმოსი სულაც არ შემოიფარგლება უბრალო თარგმანით. საფუძვლად და სახელმძღვანელოდ აიღო ეკლესიის მიერ მიღებული ერთ-ერთი კომენტარი, მან შეავსო იგი თავისი ვრცელი შენიშვნებით, გაჯერებული სხვა ეკლესიის მამების ჩვენებებით მრავალ სხვადასხვა საკითხზე.
ამოუწურავი წყაროს მსგავსად, მან გამოაქვეყნა ძველი წმინდანთა რჩეული ცხოვრება ("ნეონის ეკლოგიონი" - "ახალი იზბორნიკი") და "ახალი მარტიროლოგია" - ახალმოწამეთა ცხოვრების კრებული ოსმალეთის უღლით დაჩაგრული ქრისტიანების რწმენის მხარდასაჭერად. ამ კრებულის წყალობით მრავალი განდგომილი მოიქცა და მოწამეთა დიდებულ ლაშქარს შეუერთდა. ბერი ნიკოდიმოსი გამუდმებით ზრუნავდა ღვთის ხალხის განათლებაზე და აქვეყნებდა ნარკვევს სახელწოდებით „ქრისტიანული კარგი ზნეობა“ - წმინდა იოანე ოქროპირის ზნეობრივი მითითებების ღირსშესანიშნავი ექსპოზიცია.
ყოველდღე ცოდვითა თუ განდგომით დაჭრილთაგან ბევრი ეპისკოპოსებისა და აღმსარებლების გვერდის ავლით მიდიოდა კაფსალ ასკეტთან სულიერი განკურნებისა და ნუგეშის საპოვნელად. წმინდა ნიკოდიმესთან შორიდან მოდიოდნენ არა მარტო ბერები, არამედ საერო ხალხიც. წმიდანმა მალევე დაიწყო წუწუნი, რომ მას არ შეეძლო სასურველ ლოცვაში ჩაბარება და კვლავ სურდა ვინმესთვის უცნობ უკაცრიელ ადგილას გასულიყო. თუმცა ავადმყოფობამ ხელი შეუშალა მას ამ განზრახვის გაცნობიერებაში.