Después de pasar un año en Skiropoul, el monje Nicodemo regresó a Athos, hizo votos monásticos en el gran esquema y se instaló en la celda de Santa Teona en Kapsala. Aceptó contratar a un estudiante, Hieroteo, y con mayor celo aún se dedicó a trabajar en libros e instruir a los hermanos que se establecieron a su alrededor para unirse a su sabiduría.
Pronto San Macario de Corinto volvió a Athos. Encargó a San Nicodemo que preparara una traducción de la colección completa de obras de San Simeón el Nuevo Teólogo. En la introducción a este libro, que contiene profundas instrucciones sobre la contemplación, san Nicodemo aclara que tales escritos están destinados no sólo a los monjes, sino también a los laicos, pues todos los cristianos están llamados a la perfección evangélica. Luego, el monje Nicodemo compiló el "Exomologitarium", es decir, la "Guía de la Confesión", y una colección única de cánones a la Madre de Dios para cada voz y para cada día de la semana para cantar al final de las Vísperas o en Completas en los monasterios.
Además de muchos otros textos litúrgicos, publicó dos obras en ese momento, que eran versiones adaptadas de dos famosas obras espirituales occidentales: La guerra invisible (1589) y Ejercicios espirituales de Lorenzo Scupoli, que han seguido gozando de un éxito continuo. Estos libros no son de ninguna manera simples traducciones; fueron profundamente revisados por el santo asceta, quien los complementó con impecables instrucciones sobre el arrepentimiento, el ascetismo y la Oración de Jesús.
Mientras tanto, "El libro más útil para la comunión continua" suscitó un fuerte rechazo entre los monjes, que defendían la costumbre de recibir la comunión sólo tres o cuatro veces al año, lo que contradice los santos cánones y la Tradición apostólica. El libro fue acusado de herejía recién inventada y condenado por el patriarca Procopio. Pero cuando Neófito VII tomó el trono patriarcal (1789), se levantó la prohibición y los Kollyvads fueron reconocidos como los verdaderos defensores de la sagrada Tradición. Sin embargo, en algunos círculos monásticos continuaron difundiéndose calumnias groseras y absurdas contra San Nicodemo. Incluso fue acusado de esconder los Santos Dones en su skufa para poder recibir la comunión mientras viajaba. Pero el santo prefirió permanecer en silencio, esperando la justificación sólo de Dios, y entre lágrimas oró por la conversión de quienes se equivocaban respecto a la conmemoración de los difuntos los domingos.
El Hieromonje Agapio del Peloponeso llegó a Athos e invitó a San Nicodemo a revisar y traducir la colección de cánones sagrados que había preparado, ampliando los comentarios. El santo, para quien la vida y el orden en la Iglesia eran más valiosos que su propia vida, se puso a trabajar con celo. Incluso necesitó cuatro escribas para terminar rápidamente esta necesaria colección, a la que llamó “El Timonel” (“Pidalion”). Durante más de dos años, el monje Nicodemo trabajó día y noche recopilando, comparando, corrigiendo textos erróneos o contradictorios, citando paralelos con los decretos de los Concilios Ecuménicos, los Padres de la Iglesia y la legislación civil bizantina, enriqueciendo la obra con una gran cantidad de notas que proporcionaban criterios precisos para la aplicación de estos cánones en la vida de la Iglesia. La colección completa fue enviada a Constantinopla, pero tuvo que esperar mucho tiempo para recibir la bendición del patriarca. Luego, todos los monjes Athonitas se suscribieron a este libro y transfirieron fondos. Luego, la colección fue entregada al Hieromonk Theodoret, que se encontraba en Rumania, para su publicación.
Pero se oponía a las colivadas y a la comunión frecuente y, a su propia discreción, introdujo correcciones en el "Pidalion", distorsionando la intención del autor y la Tradición de la Iglesia. El libro se publicó en Leipzig en 1800. Cuando cayó en manos del monje Nicodemo, éste se sintió profundamente ofendido y exclamó: “¡Sería mejor si me golpeara con una espada justo en el corazón que agregar o acortar algo en este libro!”
Al mismo tiempo, llegó a San Nicodemo la noticia de que el manuscrito de la colección completa de obras de San Gregorio Palamas (14 de noviembre), recopilada y anotada con gran dificultad por él a petición de San Atanasio de Paria (24 de junio) y el metropolitano León de Iliópolis, fue capturado y destruido en una imprenta vienesa. Esto sucedió porque los austriacos buscaban el "Manifiesto" de Rigas Fereos, que llamaba a los griegos a rebelarse contra los turcos. Esta noticia impactó a San Nicodemo, que derramó lágrimas, lamentando no tanto la irreparable pérdida de tiempo invertido en esta obra, sino la pérdida de tal tesoro.
Después de esto, el monje Nicodemo, junto con Silvestre de Cesarea, pasó algún tiempo en la celda de San Basilio, donde una vez vivió San Teófilo el Mirador (8 de julio), y luego nuevamente comenzó a vivir en soledad y continuó sus labores apostólicas. Vestido con harapos y con zapatos toscos, se consideraba el último de todos. Nunca se preparaba comida alguna y sólo comía arroz hervido o miel diluida en agua, unas cuantas aceitunas y unos cuantos frijoles remojados. Si el hambre atormentaba demasiado al monje Nicodemo, iba con sus vecinos y comía con ellos, pero por lo general inmediatamente se dejaba llevar por la conversación y se olvidaba de la comida. Se le vio ocupado sólo con dos cosas: oración y trabajos académicos. A cualquier hora del día o de la noche se le podía encontrar inclinado sobre un libro o un instrumento de escritura, o con la cabeza inclinada sobre el pecho, llevando su mente a lo más profundo de su corazón, para desde allí invocar con celo el santo nombre de Jesús.
Se volvió enteramente orante, y fue gracias a esta íntima unidad con Cristo que la gracia divina puso en su corazón todo el tesoro de la Iglesia. Cuando el monje Nicodemo escribió, se sumergió por completo en su obra. Un día, cierto monje se le acercó y, al encontrarlo trabajando, le puso en la boca un trozo de pan fresco. Por la noche volvió a entrar y vio al monje Nicodemo en la misma posición, con un trozo de pan en la boca, como si no hubiera notado nada.
En esta época, el monje Nicodemo escribió un extenso comentario sobre las epístolas del apóstol Pablo, basado en la interpretación del beato Teofilacto de Bulgaria, añadiendo también un comentario sobre las epístolas conciliares. También escribió una interpretación de nueve canciones bíblicas, titulada “El jardín de la gracia”, y tradujo “Interpretación del Salterio” de Evfimy Zigavin. Como en todas sus otras obras, en estos escritos el monje Nicodemo no se limitó en absoluto a una simple traducción. Tomando como base y guía uno de los comentarios aceptados por la Iglesia, lo complementó con sus extensas notas, saturándolo con los testimonios de otros padres de la Iglesia sobre muy diversas cuestiones.
Como fuente inagotable, publicó vidas seleccionadas de santos antiguos (“Neon Eclogion” - “New Izbornik”) y “New Martyrology” - una colección de las vidas de los nuevos mártires para apoyar la fe de los cristianos oprimidos por el yugo otomano. Gracias a esta colecta, muchos apóstatas se convirtieron y se unieron al glorioso ejército de mártires. El monje Nicodemo se preocupó constantemente por la educación del pueblo de Dios y publicó un ensayo titulado "La buena moral cristiana", una maravillosa exposición de las instrucciones morales de San Juan Crisóstomo.
Todos los días, muchos de los heridos por el pecado o la apostasía, sin pasar por obispos y confesores, acudían al asceta Kapsal en busca de curación espiritual y consuelo. No sólo los monjes, sino también los laicos vinieron a San Nicodemo desde lejos. El santo pronto comenzó a quejarse de que no podía entregarse a la oración que deseaba y nuevamente quiso retirarse a un lugar desierto y desconocido para nadie. Sin embargo, una enfermedad le impidió realizar esta intención.