След като прекарал една година в Скиропул, монах Никодим се върнал в Атон, постригал се във великата схима и се заселил в килията на Света Теона в Капсала. Той се съгласи да вземе един ученик, Йеротей, и с още по-голямо усърдие се отдаде на работа върху книги и наставления на братята, които се заселиха около него, за да се присъединят към неговата мъдрост.
Скоро свети Макарий Коринтски отново дошъл в Атон. Той възлага на св. Никодим да подготви превод на пълното събрание на съчиненията на св. Симеон Нови Богослов. В увода на тази книга, който съдържа дълбоки наставления за съзерцание, св. Никодим пояснява, че тези писания са предназначени не само за монаси, но и за миряни, тъй като всички християни са призвани към евангелско съвършенство. Тогава монах Никодим състави „Exomologitarium“, тоест „Ръководство за изповед“ и уникален сборник от канони към Божията Майка за всеки глас и за всеки ден от седмицата за пеене в края на вечернята или на вечеря в манастирите.
В допълнение към много други литургични текстове, той публикува две произведения по това време, които са адаптирани версии на две известни западни духовни произведения: Невидимата война на Лоренцо Скуполи (1589) и Духовни упражнения, които продължават да се радват на постоянен успех. Тези книги в никакъв случай не са прости преводи; те бяха дълбоко преработени от светия подвижник, който ги допълни с безупречни наставления за покаянието, аскетизма и Иисусовата молитва.
Междувременно „Най-полезната книга за непрекъснатото причастие“ предизвика рязко отхвърляне сред монасите, които защитиха обичая да се причастяват само три или четири пъти в годината, което противоречи на светите канони и апостолското Предание. Книгата е обвинена в новоизмислена ерес и осъдена от патриарх Прокопий. Но когато Неофит VII зае патриаршеския престол (1789 г.), забраната беше вдигната и Коливадите бяха признати за истински защитници на свещеното Предание. Въпреки това в някои монашески среди продължават да се разпространяват груби и абсурдни клевети срещу св. Никодим. Той дори беше обвинен, че уж криел Светите дарове в скуфа си, за да може да се причасти в движение. Но светецът предпочел да мълчи, очаквайки оправдание само от Бога, и със сълзи се молел за обръщането на онези, които се заблуждавали по отношение на възпоменанието на мъртвите в неделя.
Йеромонах Агапий от Пелопонес идва в Атон и кани св. Никодим да прегледа и преведе събрания от него свещени канони, като разшири коментарите към него. Светецът, за когото животът и редът в Църквата бяха по-ценни от собствения му живот, се захвана с усърдие за работа. Той дори взе четирима писари, за да завърши бързо тази необходима колекция, която нарече „Кормчията“ („Пидалион“). Повече от две години монах Никодим работи ден и нощ, събирайки, съпоставяйки, коригирайки погрешни или противоречиви текстове, цитирайки паралели от постановленията на Вселенските събори, отците на Църквата и византийското гражданско законодателство, обогатявайки работата с огромен брой бележки, които дават точни критерии за прилагането на тези канони в живота на Църквата. Завършеният сборник бил изпратен в Константинопол, но трябвало да чака дълго благословията на патриарха. Тогава всички атонски монаси се абонираха за тази книга, превеждайки средства. След това сборникът е предаден за издаване на йеромонах Теодорит, който е в Румъния.
Но той беше противник на коливадите и честото причастие и по свое усмотрение внесе корекции в „Пидалион“, изкривявайки замисъла на автора и църковното Предание. Книгата е издадена в Лайпциг през 1800 г. Когато попаднала в ръцете на монах Никодим, той бил дълбоко обиден и възкликнал: „По-добре да ме удари с меч право в сърцето, отколкото да добави или съкрати нещо в тази книга!“
По същото време до св. Никодим достига вестта, че ръкописът на пълното събрание на съчиненията на св. Григорий Палама (14 ноември), събран и анотиран с големи трудности от него по молба на св. Атанасий Парийски (24 юни) и митрополит Лъв Илиополски, е заловен и унищожен във виенска печатница. Това се случва, защото австрийците търсят "Манифеста" на Ригас Фереос, който призовава гърците да въстанат срещу турците. Тази новина поразила св. Никодим и той пролял потоци от сълзи, съжалявайки не толкова за непоправимата загуба на време, прекарано в тази работа, а за загубата на такова съкровище.
След това монах Никодим, заедно със Силвестър Кесарийски, прекарва известно време в килията на св. Василий, където някога е живял св. Теофил Мироточив (8 юли), а след това отново започва да живее в уединение и продължава апостолския си труд. Облечен в дрипи и с груби обувки, той се смяташе за последен от всички. Никога не си приготвяше храна и ядеше само варен ориз или мед, разреден с вода, няколко маслини и няколко накиснати бобчета. Ако гладът измъчваше твърде много монах Никодим, той идваше при съседите си и ядеше с тях, но обикновено веднага се увличаше в разговор и забравяше за храната. Виждаха го зает само с две неща: молитва и научни трудове. По всяко време на деня и нощта той можеше да бъде намерен или наведен над книга или надписни инструменти, или с глава, наведена на гърдите си, свеждайки ума си в дълбините на сърцето си, оттам с усърдие да призовава святото име на Исус.
Той стана изцяло молитвен и благодарение на това съкровено единство с Христос Божествената благодат постави в сърцето му цялото съкровище на Църквата. Когато монах Никодим пише, той изцяло се потапя в работата си. Веднъж един монах дошъл при него и като го заварил на работа, сложил в устата му парче пресен хляб. Вечерта той отново влезе и видя монах Никодим в същото положение, с парче хляб в устата, сякаш нищо не беше забелязал.
По това време монах Никодим написва обширен коментар върху посланията на апостол Павел въз основа на тълкуването на блажени Теофилакт Български, добавяйки и коментар към съборните послания. Той също така написа интерпретация на девет библейски песни, озаглавена „Градината на благодатта“, и преведе „Тълкуване на псалтира“ от Евфимий Зигавин. Както във всичките си други произведения, в тези писания монах Никодим изобщо не се ограничава до обикновен превод. Вземайки за основа и ръководство един от приетите от Църквата коментари, той го допълва със своите обширни бележки, насищайки ги със свидетелствата на други отци на Църквата по много различни въпроси.
Като неизчерпаем извор той издава избрани жития на древни светци („Неон Еклогион” – „Нов Изборник”), и „Нов Мартиролог” – сборник с житията на новомъчениците за подкрепа на вярата на потиснатите от османско иго християни. Благодарение на тази колекция много отстъпници се обърнаха и се присъединиха към славната армия на мъчениците. Монах Никодим непрестанно се грижи за образованието на Божия народ и публикува съчинение, озаглавено „Християнският добър морал” - забележително изложение на нравствените наставления на св. Йоан Златоуст.
Всеки ден много от онези, които бяха наранени от грях или отстъпничество, заобикаляйки епископите и изповедниците, се стичаха при капсалския аскет, за да намерят духовно изцеление и утеха. При св. Никодим идвали отдалеч не само монаси, но и миряни. Скоро светецът започнал да се оплаква, че не може да се отдаде на желаната молитва и отново поискал да се оттегли в пусто място, неизвестно никому. Болест обаче му попречи да осъществи това си намерение.