Запалена думка про мучеництво стала його переслідувати на кожному кроці, але, проте, не випробувавши своїх сил, він не наважувався без підготовки і поради досвідчених старців наслідувати свій намір.
Бажаючи себе випробувати, він з благословення лаврського ігумена перейшов до Есфігменської обителі, де й віддав себе під керівництво того самого ігумена, який разом зі старцем Германом брав участь у приготуванні св. Агафангела до страждального подвигу. Тут Тимофій незабаром був пострижений у великий ангельський образ – схиму і під керівництвом ігумена почав готувати себе до підняття мук за ім'я Ісуса Христа.
Маючи щодня перед очима св. мощі Агафангела, Тимофій благоговів до святого мученика і просив його у своїй молитві випросити йому у Великодаровитого Господа благодаті: постраждати за ім'я Його святе. Як видно, св. Агафангел прислухався до благання Тимофія, бо серце його настільки розгорілося любов'ю до Господа нашого Ісуса Христа, що він був не в змозі довше переносити його і бажав якнайшвидше постраждати за найсолодшого Ісуса. А тому й оголосив свій намір ігуменові, благаючи його дати йому благословення на мученицький подвиг. Але ігумен, бажаючи випробувати Тимофія і як би не слухаючи його прохання, відмовив йому у своєму благословенні, що, однак, анітрохи не збентежило Тимофія, який, за своєю глибокою смиренністю та беззаперечною послухом прийняв слова ігумена, ніби від Самого Господа. Тим часом минуло досить часу, в який Тимофій не тільки не ослаб у своєму намірі, але навіть часто нагадував і просив відпустити його на подвиг.
Коли ж досвідчений керівник побачив незмінну і тверду думку Тимофія, то погодився і, дав йому своє благословення, послав його з листом до єпархії Міріофітської на берегах Пропонтиди до ієромонаха Германа, колишнього супутника св. Агафангела, який у той час перебував у церковних справах у цих місцях, просячи його підготувати Тимофія до подвигу.
Прийшовши в Пропонтиду, він знайшов старця Германа, якому вручив листа від ігумена есфігменського. Прочитавши листа, Герман з радістю і братерською любов'ю прийняв Тимофія як майбутнього мученика, упокоїв його гостинністю і дав йому притулок.
Готуючи Тимофія до мученицького подвигу, Герман душевно тішився, що Господь Бог, з великої Своєї милості, удостоїв його ще приготувати одного мученика за сповідання Його святого імені, і через кілька днів, бачачи твердість Тимофія в намірі, благословив його на мученицький подвиг. При цьому знайшовся і послідовник Тимофія, ієромонах Євфимій, який, бачачи мужню його рішучість, спалахнув ревнощами, побажав сам разом з ним постраждати за Христа і прийняти мученицьку кончину.
І таким чином, напутні благословенням і молитвою, Євфимій і Тимофій вирушили до Кисані, де зайшли до будинку одного колишнього християнина, знайомого Тимофія, але тепер відкинутого. Після звичайного привітання Тимофій почав умовляти знедоленого звернутися знову до Христа, при цьому погрожував йому вічним мукою і позбавленням тих благ, які приготовані послідовникам Христовим. Але жорстокий знедолений замість подяки за добрі поради доніс на них судді, який негайно звелів привести св. мучеників на судилищі.
Коли св. мученики увійшли до судилища і постали перед суддею, тоді сміливо сповідали себе християнами, викриваючи їхню оману і хибне вірування в Магомета. Суддя, чуючи хулу на свою віру, закипів гнівом, наказав слугам туго зв'язати руки св. мучеників тому і, вважаючи їхню провину не підлягає його владі, відправив їх у Адріанополь. При цьому слуги показали звірячу старанність: вони руки св. Тимофія стягнули так туго, що плечі його з'єдналися разом.
Другого дня страждальці Христові прибули до Адріанополя; тут вони дізналися, що за день перед цим два подвижники Христові, ієромонах Микола і чернець Варнава, мужньо сповідували християнську віру і що після короткого умовляння судді наказали їх вкинути в різні в'язниці і, забивши їхні ноги в колоди, бити їх щодня по п'ятах протягом одного місяця, додавши. ударів. Ця звістка зміцнила Євфимія і Тимофія, і вони з радістю чекали собі мук за Христа, що їх полюбив.
Коли св. мученики Євфимій і Тимофій були приведені в судилище, то судді, після звичайних умовлянь, бачачи їх непохитність, наказали ієромонаха Євфимія ув'язнити у в'язницю і бити по п'ятах точно так само, як Миколи і Варнаву, Тимофія ж залишили без покарання, він оголосив в ньому, оголошивши в те, що він повернеться до нього. наступний місяць буде страчено.
Через два дні прибув до Адріанополя старець Тимофія, Герман, який через посланого таємно відвідати у в'язниці св. мучеників дізнався, що бажають долучитися св. Христових Таїн, а тому негайно пішов до домової патріаршої церкви, взяв там кілька частинок антидору і того ж дня три частки відправив до св. мученикам з тим християнином, який повідомив йому про їхнє бажання причаститися Тіла і Крові Христових, у короткому листі сповіщав страждальців, що завтра сам прийде до них у в'язницю. На другий день Герман, поцікавившись у одного християнина, що в ту саму в'язницю, в якій ув'язнені Євфимій і Тимофій, саджають боржників, а також і за неплатіж податей, почав просити його, щоб він доніс на нього збирачеві податей, ніби він не сплатив законної подати. Тільки-но збирач почув про це, одразу прийшов у готель, де зупинився Герман, і, викликавши його, почав вимагати квитанцію про сплату податків. А оскільки у Германа не виявилося не лише квитанції, а й грошей, то збирач відправив його до в'язниці.
Хто ж гідно може описати ту радість, коли учні побачили у в'язниці свого вчителя?! Які радісні сльози зрошували їхні ланити побачивши свого благодійника і наставника! Вони всі веселилися і зі сльозами лобизували один одного. Вся ніч була проведена в чуванні і молитві, і похмура в'язниця звернулася до церкви; після закінчення чування мученики Христові сповідалися у свого старця і потім причастилися святих Христових Таїн. А як тільки настав ранок, Германа викупили благочестиві християни і його випустили на волю.
Тим часом, до осоромлення ворогів християнства, Господь явно творив чудеса через Своїх сповідників, бо скільки жорстокі мучителі не били страстотерпців по п'ятах, мученики Христові замість звичайних стогонів раділи і дякували за завдані удари; у катів після кожного биття руки робилися розслабленими, і вони, бачачи своє безсилля, від злості скреготали зубами.
Нарешті наблизився день, коли Промислу Божому завгодно було покликати до Себе св. мученика Тимофія. Цього дня судді зажадали його до себе в судилище і після різних втішних обіцянок і погроз наказали відсікти йому голову і разом з тілом кинути в річку, що було виконано катами 29 жовтня 1820 року.
Багато журився старець Герман, що вороги Христової Церкви позбавили втіхи християн мати св. мощі страждальця Христового Тимофія, тому, бажаючи придбати хоча б закривавлений його одяг, він запропонував катам значну суму грошей, яку і отримав бажане. Потім із цією дорогоцінною ношею вирушив на Св. Гору. Проходячи повз те село, де жили дочки св. Тимофія, Герман зайшов до них, повідомив їм радісну звістку про мученицьку кончину їхнього батька і приділив їм частину від одягу святого. Після прибуття на Афонську Гору братія Есфігменської обителі зустріли мученикову одежу з хресним ходом, з честю внесли її до церкви і поклали в ковчезі з одягом св. мученика Агафангела.
Після страти св. Тимофія сповідників Христових: Євфимія, Миколи та Варнаву випустили з в'язниці і з безчестям вигнали з міста. Молитвами св. преподобномученика Тимофія, Христе Боже, удостой і нас отримати вічну славу на небесах. Амінь.