Запавшая мысль о мученичестве стала его преследовать на каждом шагу, но, однако, не испытав своих сил, он не решался без подготовки и совета опытных старцев последовать своему намерению.
Желая себя в точности испытать, он с благословения лаврского игумена перешел в Есфигменскую обитель, где и отдал себя под руководство того самого игумена, который вместе со старцем Германом участвовал в приготовлении св. Агафангела к страдальческому подвигу. Здесь Тимофей вскоре пострижен был в великий ангельский образ – схиму и под руководством игумена начал готовить себя к подъятию мук за имя Иисуса Христа.
Имея ежедневно пред очами св. мощи Агафангела, Тимофей благоговел к святому мученику и просил его в своей молитве испросить ему у Великодаровитого Господа благодати: пострадать за имя Его святое. Как видно, св. Агафангел внял мольбе Тимофея, ибо сердце его настолько разгорелось любовью ко Господу нашему Иисусу Христу, что он был не в состоянии долее переносить оного и желал как можно скорее пострадать за сладчайшего Иисуса. А потому и объявил свое намерение игумену, умоляя его дать ему благословение на мученический подвиг. Но игумен, желая испытать Тимофея и как бы не внимая его просьбе, отказал ему в своем благословении, что, однако, нисколько не смутило Тимофея, который, по своему глубокому смирению и безпрекословному послушанию принял слова игумена, как бы от Самого Господа. Между тем, прошло довольно времени, в которое Тимофей не только не ослабел в своем намерении, но даже часто напоминал и просил отпустить его на страдальческий подвиг.
Когда же опытный руководитель увидел неизменную и твердую мысль Тимофея, то согласился и, дав ему свое благословение, послал его с письмом в епархию Мириофитскую на берегах Пропонтиды к иеромонаху Герману, бывшему спутнику св. Агафангела, который в то время находился по церковным делам в этих местах, прося его подготовить Тимофея к страдальческому подвигу.
Пришедши в Пропонтиду, он отыскал старца Германа, которому вручил письмо от есфигменского игумена. Прочитав письмо, Герман с радостью и братской любовью принял Тимофея, как будущего мученика, упокоил его гостеприимством и дал ему у себя приют.
Приготовляя Тимофея к мученическому подвигу, Герман душевно радовался, что Господь Бог, по великой Своей милости, удостоил его еще приготовить одного мученика за исповедание Его святого имени, и чрез несколько дней, видя Тимофееву твердость в намерении, благословил его на мученический подвиг. При этом нашелся и последователь Тимофею, иеромонах Евфимий, который, видя мужественную его решимость, возгорелся ревностью, пожелал сам вместе с ним пострадать за Христа и принять мученическую кончину.
И таким образом, напутствуемые благословением и молитвою, Евфимий и Тимофей отправились в Кисани, где зашли в дом к одному бывшему христианину, знакомому Тимофея, но теперь отверженнику. После обычного приветствия Тимофей начал уговаривать отверженника обратиться опять ко Христу, при этом угрожал ему вечною мукою и лишением тех благ, которые уготованы последователям Христовым. Но ожесточенный отверженник вместо благодарности за благие советы донес на них судье, который немедленно велел привести св. мучеников на судилище.
Когда св. мученики вошли в судилище и предстали пред судьей, тогда дерзновенно исповедали себя христианами, обличая их заблуждение и ложное верование в Магомета. Судья, слыша хулу на свою веру, воскипел гневом, приказал слугам туго связать руки св. мучеников назад и, считая их вину не подлежащею его власти, отправил их в Адрианополь. При этом слуги показали зверское усердие: они руки св. Тимофея стянули так туго, что плечи его соединились вместе.
На другой день страдальцы Христовы прибыли в Адрианополь; здесь они узнали, что за день пред этим два подвижника Христова, иеромонах Николай и монах Варнава, мужественно исповедовали христианскую веру и что после краткого увещания судьи приказали их ввергнуть в разные темницы и, забив их ноги в колоды, бить их каждодневно по пятам в течение одного месяца, прибавляя каждый день по два удара, начиная с тридцати восьми ударов. Это известие укрепило Евфимия и Тимофея, и они с радостью ожидали себе мучений за возлюбившего их Христа.
Когда св. мученики Евфимий и Тимофей были приведены в судилище, то судьи, после обычных увещаний, видя их непреклонность, повелели иеромонаха Евфимия заключить в темницу и бить по пятам точно так же, как Николая и Варнаву, Тимофея же оставили без наказания, объявив ему, что если он в течение одного месяца не обратится в мусульманскую веру, то в следующий месяц будет предан смертной казни.
Спустя два дня прибыл в Адрианополь старец Тимофея, Герман, который чрез посланного тайно навестить в темнице св. мучеников узнал, что они желают приобщиться св. Христовых Таин, а потому немедленно пошел в домовую патриаршую церковь, взял там несколько частиц антидору и в тот же день три частицы отправил к св. мученикам с тем христианином, который сообщил ему об их желании причаститься Тела и Крови Христовых, в кратком же письме извещал страдальцев, что завтра сам придет к ним в темницу. На другой день Герман, осведомившись у одного христианина, что в ту самую темницу, в которой заключены Евфимий и Тимофей, сажают должников, а также и за неплатеж податей, стал просить его, чтобы он донес на него сборщику податей, будто бы он не уплатил законной подати. Лишь только сборщик услышал об этом, тотчас пришел в гостиницу, где остановился Герман, и, вызвав его, стал требовать квитанцию об уплате податей. А так как у Германа не оказалось не только квитанции, но и денег, то сборщик отправил его в темницу. Кто же достойно может описать ту радость, когда ученики увидели в темнице своего учителя?! Какие радостные слезы орошали их ланиты при виде своего благодетеля и наставника! Они все веселились и со слезами лобызали друг друга. Вся ночь была проведена в бдении и молитве, и мрачная темница обратилась в церковь; по окончании бдения мученики Христовы исповедались у своего старца и потом причастились святых Христовых Таин. А как только настало утро, Германа выкупили благочестивые христиане и его выпустили на волю.
Между тем, к посрамлению врагов христианства, Господь явно творил чудеса чрез Своих исповедников, ибо сколько жестокие мучители ни били страстотерпцев по пятам, мученики Христовы вместо обычных стонов радовались и благодарили за нанесенные удары; у палачей же после каждого биения руки делались расслабленными, и они, видя свое безсилие, от злобы скрежетали зубами.
Наконец приблизился день, в который Промыслу Божию угодно было призвать к Себе св. мученика Тимофея. В этот день судьи потребовали его к себе в судилище и после разных лестных обещаний и угроз приказали отсечь ему голову и вместе с телом бросить в реку, что и было исполнено палачами 29 октября 1820 г.
Много скорбел старец Герман, что враги Христовой Церкви лишили утешения христиан иметь св. мощи страдальца Христова Тимофея, а потому, желая приобрести хотя бы окровавленную его одежду, он предложил палачам значительную сумму денег, за которую и получил желаемое. Потом с этой драгоценной ношею отправился на Св. Гору. Проходя мимо того селения, где жили дочери св. Тимофея, Герман зашел к ним, сообщил им радостную весть о мученической кончине их отца и уделил им часть от одежды святого. По прибытии на Афонскую Гору братия Есфигменской обители встретили мученикову одежду с крестным ходом, с честью внесли оную в церковь и положили в ковчеге с одеждами св. мученика Агафангела.
После казни св. Тимофея исповедников Христовых: Евфимия, Николая и Варнаву выпустили из темницы и с безчестием прогнали из города. Молитвами св. преподобномученика Тимофея, Христе Боже, удостой и нас получить вечную славу на небесах. Аминь.