Η βυθισμένη σκέψη του μαρτυρίου άρχισε να τον κυνηγάει σε κάθε του βήμα, αλλά, όμως, μη έχοντας δοκιμάσει τις δυνάμεις του, δεν τόλμησε να ακολουθήσει την πρόθεσή του χωρίς προετοιμασία και συμβουλές από έμπειρους γέροντες.
Θέλοντας να δοκιμάσει ακριβώς τον εαυτό του, με την ευλογία του ηγούμενου της Λαύρας, μετακόμισε στο μοναστήρι των Εσφιγμένων, όπου τέθηκε υπό την καθοδήγηση του ίδιου ηγουμένου, ο οποίος μαζί με τον Γέροντα Χέρμαν συμμετείχε στην προετοιμασία του Αγίου Αγαφάγγελου για τον ταλαίπωρο άθλο. Εδώ ο Τιμόθεος προσήλθε σύντομα στη μεγάλη αγγελική εικόνα - το σχήμα και, υπό την ηγεσία του ηγούμενου, άρχισε να προετοιμάζεται για να υπομείνει το μαρτύριο για το όνομα του Ιησού Χριστού.
Έχοντας καθημερινά μπροστά στα μάτια των Αγίων Λειψάνων του Αγαφαγγέλου, ο Τιμόθεος σεβόταν τον άγιο μάρτυρα και του ζήτησε στην προσευχή του να του ζητήσει από τον Μεγαλόχαρτο Κύριο τη χάρη: να υποφέρει για το άγιο όνομά Του. Όπως μπορείτε να δείτε, ο Άγιος Αγαθάγγελος εισάκουσε την παράκληση του Τιμόθεου, γιατί η καρδιά του ήταν τόσο φλεγμένη από αγάπη για τον Κύριό μας Ιησού Χριστό που δεν άντεχε άλλο και ήθελε να υποφέρει για τον γλυκύτατο Ιησού το συντομότερο δυνατό. Και γι' αυτό ανακοίνωσε την πρόθεσή του στον ηγούμενο, παρακαλώντας τον να του δώσει ευλογία για το μαρτύριό του. Ο ηγούμενος όμως, θέλοντας να δοκιμάσει τον Τιμόθεο και σαν να μην άκουσε το αίτημά του, του αρνήθηκε την ευλογία του, κάτι που όμως δεν ενόχλησε καθόλου τον Τιμόθεο, ο οποίος από βαθιά ταπείνωση και αδιαμφισβήτητη υπακοή δέχτηκε τα λόγια του ηγούμενου, σαν από τον ίδιο τον Κύριο. Εν τω μεταξύ, πέρασε αρκετός καιρός κατά τον οποίο ο Τιμόθεος όχι μόνο δεν αδυνάτισε στην πρόθεσή του, αλλά συχνά υπενθύμιζε και ζητούσε να τον απελευθερώσουν σε ένα άθλιο κατόρθωμα.
Όταν ο έμπειρος αρχηγός είδε την αμετάβλητη και σταθερή σκέψη του Τιμόθεου, συμφώνησε και δίνοντάς του την ευλογία του, τον έστειλε με ένα γράμμα στη Μητρόπολη των Μυριοφύτων στις όχθες της Προποντίδας στον Ιερομόναχο Ερμάν, πρώην σύντροφο του Αγίου Αγαφάγγελου, που εκείνη την εποχή εκκλησιαζόταν σε αυτά τα μέρη, ζητώντας του να προετοιμάσει την πάσχουσα γιορτή του Τιμόθεου.
Φθάνοντας στην Προποντίδα, βρήκε τον Γέροντα Ερμάν, στον οποίο παρέδωσε μια επιστολή του Ηγουμένου των Εσφιγμένων. Έχοντας διαβάσει την επιστολή, ο Χέρμαν με χαρά και αδελφική αγάπη δέχτηκε τον Τιμόθεο ως μελλοντικό μάρτυρα, τον παρηγόρησε με φιλοξενία και του έδωσε καταφύγιο.
Προετοιμάζοντας τον Τιμόθεο για το κατόρθωμα του μαρτυρίου, ο Χέρμαν χάρηκε πνευματικά που ο Κύριος Θεός, με το μεγάλο Του έλεος, ετοίμασε ένα ακόμη μάρτυρα για την ομολογία του αγίου Ονόματός Του και λίγες μέρες αργότερα, βλέποντας τη σταθερότητα του Τιμόθεου στην πρόθεση, τον ευλόγησε για το κατόρθωμα του μαρτυρίου. Ταυτόχρονα υπήρχε και ένας οπαδός του Τιμόθεου, ο Ιερομόναχος Ευθύμιος, ο οποίος βλέποντας τη γενναία αποφασιστικότητά του φλεγόταν από ζήλια και ήθελε να υποφέρει μαζί του για τον Χριστό και να δεχτεί το μαρτύριο.
Και έτσι, καθοδηγούμενοι από την ευλογία και την προσευχή, ο Ευθύμιος και ο Τιμόθεος πήγαν στην Κισσάνη, όπου πήγαν στο σπίτι ενός πρώην χριστιανού, γνωστού του Τιμόθεου, αλλά τώρα απόκληρου. Μετά τον συνηθισμένο χαιρετισμό, ο Τιμόθεος άρχισε να πείθει τον απόκληρο να στραφεί ξανά στον Χριστό, ενώ τον απείλησε με αιώνιο μαρτύριο και στέρηση των ευεργετημάτων που προετοιμάζονται για τους οπαδούς του Χριστού. Όμως ο πικραμένος απόκληρος, αντί για ευγνωμοσύνη για τις καλές συμβουλές τους, τους ανέφερε στον δικαστή, ο οποίος διέταξε αμέσως να φέρουν τους Αγίους μάρτυρες στο δικαστήριο.
Όταν οι άγιοι μάρτυρες μπήκαν στο δικαστήριο και εμφανίστηκαν ενώπιον του δικαστή, τότε ομολόγησαν με θάρρος ότι ήταν χριστιανοί, καταγγέλλοντας την πλάνη και την ψευδή πίστη τους στον Μωάμεθ. Ο δικαστής, ακούγοντας τη βλασφημία κατά της πίστης του, έβρασε από θυμό και διέταξε τους υπηρέτες να δέσουν σφιχτά τα χέρια του αγίου. μάρτυρες πίσω και, θεωρώντας ότι η ενοχή τους δεν υπόκειται στην εξουσία του, τους έστειλε στην Αδριανούπολη. Την ίδια στιγμή, οι υπηρέτες έδειξαν βάναυσο ζήλο: είναι τα χέρια του Αγίου Timofey τραβήχτηκε τόσο σφιχτά που οι ώμοι του ενώθηκαν μεταξύ τους.
Την επομένη, οι πάσχοντες του Χριστού έφτασαν στην Αδριανούπολη. Εδώ έμαθαν ότι την προηγούμενη μέρα, δύο ασκητές του Χριστού, ο Ιερομόναχος Νικόλαος και ο μοναχός Βαρνάβας, δήλωναν με θάρρος τη χριστιανική πίστη και ότι μετά από μια σύντομη παραίνεση, οι δικαστές διέταξαν να τους ρίξουν σε διάφορες φυλακές και, έχοντας βάλει τα πόδια τους σε κοντάκια, να τους χτυπούν στις φτέρνες κάθε μέρα για ένα μήνα, προσθέτοντας δύο χτυπήματα κάθε μέρα. Αυτή η είδηση ενίσχυσε τον Ευθύμιο και τον Τιμόθεο και περίμεναν με χαρά να υποφέρουν για τον Χριστό που τους αγάπησε.
Όταν οι άγιοι μάρτυρες Ευθύμιος και Τιμόθεος προσήχθησαν στο δικαστήριο, τότε οι δικαστές, μετά τις συνήθεις νουθεσίες, βλέποντας την ακαμψία τους, διέταξαν τον Ιερομόναχο Ευθύμιο να φυλακιστεί και να χτυπηθεί στα τακούνια όπως ο Νικόλαος και ο Βαρνάβας, ενώ ο Τιμόθεος έμεινε χωρίς τιμωρία τον επόμενο μήνα, αν τον προσηλυτίσει τον επόμενο μήνα. θα θανατωθεί.
Δύο μέρες αργότερα έφτασε στην Αδριανούπολη ο πρεσβύτερος του Τιμόθεου, ο Χέρμαν, ο οποίος μέσω αγγελιοφόρου επισκέφτηκε κρυφά τους Αγίους Οι μάρτυρες έμαθαν ότι ήθελαν να λάβουν Θεία Κοινωνία. Τα Μυστήρια του Χριστού, και ως εκ τούτου αμέσως πήγαν στην πατριαρχική εκκλησία του σπιτιού, πήραν εκεί πολλά σωματίδια αντίδωρας και την ίδια μέρα έστειλαν τρία σωματίδια στους Αγίους μάρτυρες με εκείνον τον Χριστιανό που τον ενημέρωσε για την επιθυμία τους να λάβουν το Σώμα και το Αίμα του Χριστού και σε σύντομη επιστολή τους γνωστοποίησε ότι αύριο θα ερχόταν ο ίδιος στη φυλακή. Την επομένη, ο Χέρμαν, αφού ρώτησε από έναν Χριστιανό ότι στην ίδια φυλακή που ήταν φυλακισμένοι ο Ευθύμιος και ο Τιμόθεος φυλακίζονταν οφειλέτες, καθώς και για μη πληρωμή φόρων, άρχισε να του ζητά να τον αναφέρει στον εφοριακό, σαν να μην είχε πληρώσει τον νόμιμο φόρο. Μόλις το έμαθε ο συλλέκτης, ήρθε αμέσως στο ξενοδοχείο όπου διέμενε ο Χέρμαν και, καλώντας τον, άρχισε να απαιτεί απόδειξη για την πληρωμή των φόρων. Και αφού ο Χέρμαν δεν είχε μόνο την απόδειξη, αλλά και τα χρήματα, ο εισπράκτορας τον έστειλε φυλακή.
Ποιος μπορεί να περιγράψει επαρκώς τη χαρά όταν οι μαθητές είδαν τον δάσκαλό τους στη φυλακή;! Τι χαρούμενα δάκρυα πότισαν τα μάγουλά τους στη θέα του ευεργέτη και μέντορά τους! Όλοι διασκέδαζαν και φιλιόντουσαν με δάκρυα. Όλη η νύχτα πέρασε σε αγρυπνία και προσευχή, και η ζοφερή φυλακή μετατράπηκε σε εκκλησία. Στο τέλος της αγρυπνίας οι μάρτυρες του Χριστού εξομολογήθηκαν στον γέροντά τους και στη συνέχεια μετέλαβαν των Αγίων Μυστηρίων του Χριστού. Και μόλις ήρθε το πρωί, ο Ερμάν εξαγοράστηκε από ευσεβείς χριστιανούς και αφέθηκε ελεύθερος.
Εν τω μεταξύ, προς ντροπή των εχθρών του Χριστιανισμού, ο Κύριος έκανε ξεκάθαρα θαύματα μέσω των εξομολογητών Του, γιατί όσο σκληρά κι αν χτυπούσαν οι βασανιστές τους παθιασμένους, οι μάρτυρες του Χριστού, αντί για τους συνηθισμένους στεναγμούς, χάρηκαν και ευχαριστούσαν για τα χτυπήματα που είχαν προκαλέσει. Μετά από κάθε χτύπημα, τα χέρια των εκτελεστών χαλαρώνανε και βλέποντας την αδυναμία τους, έτριζαν τα δόντια τους θυμωμένοι.
Τέλος, πλησίασε η μέρα κατά την οποία η Πρόνοια του Θεού ευχαρίστησε να καλέσει τον Άγιο Μάρτυρα Τιμόθεο. Την ημέρα αυτή οι δικαστές τον ζήτησαν να εμφανιστεί στο δικαστήριο και μετά από διάφορες κολακευτικές υποσχέσεις και απειλές διέταξαν να του κόψουν το κεφάλι και να το ρίξουν στο ποτάμι μαζί με το σώμα του, κάτι που έγινε από τους δήμιους στις 29 Οκτωβρίου 1820.
Ο Γέροντας Χέρμαν λυπήθηκε πολύ γιατί οι εχθροί της Εκκλησίας του Χριστού στέρησαν από τους Χριστιανούς την παρηγοριά να έχουν τα λείψανα του πάσχοντος Χριστού Τιμόθεου και γι' αυτό, θέλοντας να αγοράσει τουλάχιστον τα ματωμένα ρούχα του, πρόσφερε στους δήμιους ένα σημαντικό χρηματικό ποσό, για το οποίο έλαβε ό,τι ήθελε. Μετά με αυτό το πολύτιμο φορτίο πήγε στο Άγιο Όρος. Περνώντας από το χωριό όπου οι κόρες του Αγίου Τιμόθεου ήρθε κοντά τους ο Χέρμαν, τους είπε τα καλά νέα για το μαρτύριο του πατέρα τους και τους έδωσε ένα μέρος από τα ρούχα του αγίου. Κατά την άφιξή τους στο Άγιο Όρος, οι αδελφοί της μονής Εσφιγμήν συνάντησαν τα ρούχα του μάρτυρα με σταυρό πομπή, τα μετέφεραν στην εκκλησία με τιμή και τα έβαλαν στην κιβωτό με τα ρούχα του Αγίου Μάρτυρος Αγαφαγγέλου.
Μετά την εκτέλεση του Αγίου Τιμόθεου, οι ομολογητές του Χριστού: Ευθύμιος, Νικόλαος και Βαρνάβας, απελευθερώθηκαν από τη φυλακή και εκδιώχθηκαν άτιμα από την πόλη. Με τις προσευχές του Αγίου Σεβασμιωτάτου Μάρτυρος Τιμόθεου, Χριστέ ο Θεός ημών, κάνε μας άξιους να λάβουμε την αιώνια δόξα στον ουρανό. Αμήν.