Потъналата мисъл за мъченичество започна да го преследва на всяка крачка, но, без да изпита силата си, той не посмя да последва намерението си без подготовка и съвет от опитни старци.
Желаейки да се изпита точно, той с благословението на игумена на лаврата се премества в манастира Есфигмен, където се поставя под ръководството на същия игумен, който заедно със старец Герман участва в подготовката на св. Агафангел към страдалческия подвиг. Тук Тимотей скоро бил постриган във великия ангелски образ - схима и под ръководството на игумена започнал да се готви да изтърпи мъчения за името на Исус Христос.
Ежедневно имайки пред очите мощите на св. Агафангел, Тимотей почиташе светия мъченик и го помоли в молитвата си да го измоли от Великонадарения Господ за благодат: да пострада за Неговото свято име. Както виждате, св. Агатангел се вслушал в молбата на Тимотей, тъй като сърцето му било толкова пламнало от любов към нашия Господ Иисус Христос, че той не могъл да издържи повече и искал колкото се може по-скоро да пострада за най-сладкия Иисус. И затова той съобщи намерението си на игумена, молейки го да му даде благословение за мъченическата му смърт. Но игуменът, искайки да изпита Тимотей и като че ли не внимавайки на молбата му, му отказа благословението, което обаче изобщо не смути Тимотей, който от своето дълбоко смирение и безпрекословно послушание прие думите на игумена, сякаш от самия Господ. Междувременно измина доста време, през което Тимотей не само не отслабна в намерението си, но дори често напомняше и молеше да бъде пуснат на страдалчески подвиг.
Когато опитният водач видя неизменната и твърда мисъл на Тимотей, той се съгласи и, като го благослови, го изпрати с писмо в Мириофитската епархия на брега на Пропонтида до йеромонах Герман, бивш спътник на св. Агафангел, който по това време беше на църковна работа по тези места, с молба да подготви Тимотей за страдалческия подвиг.
Пристигайки в Пропонтида, той намери старец Герман, на когото връчи писмо от игумена на Есфигмен. Прочитайки писмото, Герман с радост и братска любов прие Тимотей като бъдещ мъченик, утеши го с гостоприемство и го приюти.
Подготвяйки Тимотей за мъченическия подвиг, Герман духовно се зарадва, че Господ Бог по Своето велико милосърдие благоволи да подготви още един мъченик за изповядване на Неговото свято име и няколко дни по-късно, като видя твърдостта на намерението на Тимотей, го благослови за мъченическия подвиг. В същото време имаше и последовател на Тимотей, йеромонах Евтимий, който, виждайки неговата смела решимост, се разпали от ревност и пожела да пострада с него за Христа и да приеме мъченическа смърт.
И така, ръководени от благословение и молитва, Евтимий и Тимотей отидоха в Кисани, където влязоха в къщата на бивш християнин, познат на Тимотей, но сега изгнаник. След обичайния поздрав Тимотей започна да убеждава изгнаника да се обърне отново към Христос, като същевременно го заплашваше с вечни мъки и лишаване от благата, които са приготвени за последователите на Христос. Но огорченият изгнаник, вместо благодарност за добрия им съвет, доложил за тях на съдията, който веднага заповядал да доведат св. мъченици на съдилище.
Когато св. мъченици влязоха в съдилището и се явиха пред съдията, тогава те смело се изповядаха като християни, изобличавайки своята заблуда и лъжлива вяра в Мохамед. Съдията, като чу хулата срещу вярата му, кипна от гняв и заповяда на слугите да вържат здраво ръцете на светеца. мъченици обратно и, считайки вината им за неподлежаща на властта му, ги изпрати в Адрианопол. В същото време слугите проявиха брутална ревност: те бяха ръцете на св. Тимофей така силно стиснати, че раменете му бяха съединени.
На следващия ден Христовите страдалци пристигнали в Адрианопол; тук те научиха, че предишния ден двама Христови аскети, йеромонах Николай и монах Варнава, смело изповядваха християнската вяра и че след кратко предупреждение съдиите заповядаха да ги хвърлят в различни затвори и, като забиха краката им в клади, да ги бият по петите всеки ден в продължение на един месец, добавяйки всеки ден по два удара, като се започне с тридесет и осем удара. Тази вест укрепи Евтимий и Тимотей и те с радост очакваха страданията за възлюбилия ги Христос.
Когато св. мъченици Евтимий и Тимотей бяха докарани в съда, тогава съдиите, след обичайните увещания, виждайки тяхната непреклонност, наредиха йеромонах Евтимий да бъде затворен и бит по петите по същия начин, както Николай и Варнава, докато Тимотей беше оставен без наказание, като му обявиха, че ако не приеме мюсюлманската вяра в рамките на един месец, то следващия месец щеше да бъде умъртвен.
Два дни по-късно в Адрианопол пристигнал Тимотейският старец Герман, който чрез пратеник тайно посетил св. мъчениците научили, че желаят да се причастят. Христовите Тайни и затова незабавно отиде в домашната патриаршеска църква, взе там няколко частици антидора и в същия ден изпрати три частици на св. мъченици с този християнин, който го уведоми за желанието си да се причастят с Тялото и Кръвта Христови и в кратко писмо съобщи на страдащите, че утре самият той ще дойде при тях в затвора. На следващия ден Герман, след като попита един християнин, че длъжниците са затворени в същия затвор, в който бяха затворени Евтимий и Тимотей, както и за неплащане на данъци, започна да го моли да го докладва на бирника, сякаш не е платил законния данък. Веднага щом колекционерът чу за това, той веднага дойде в хотела, където беше отседнал Херман, и като му се обади, започна да изисква разписка за плащане на данъци. И тъй като Херман нямаше не само касовата бележка, но и парите, инкасаторът го изпрати в затвора.
Кой може да опише адекватно радостта, когато учениците видяха учителя си в затвора?! Какви радостни сълзи напояваха бузите им при вида на своя благодетел и наставник! Всички се забавляваха и се целуваха със сълзи. Цялата нощ премина в бдение и молитва, а мрачният затвор се превърна в църква; В края на бдението Христовите мъченици се изповядаха пред своя старец и след това се причастиха със Светите Христови Тайни. И щом настъпи сутринта, Герман беше откупен от благочестиви християни и го пуснаха.
Междувременно, за срам на враговете на християнството, Господ явно извърши чудеса чрез Своите изповедници, тъй като колкото и жестоки да бият мъчителите на страстоносците по петите, Христовите мъченици, вместо обичайните стенания, се радваха и благодариха за ударите, които бяха нанесли; След всеки побой ръцете на палачите се отпускаха и те, виждайки слабостта си, скърцаха със зъби от гняв.
Накрая наближил денят, в който Божието Провидение благоволило да призове св. мъченик Тимотей. На този ден съдиите го изискват да се яви в съда и след различни ласкателни обещания и заплахи нареждат главата му да бъде отсечена и хвърлена в реката заедно с тялото му, което е извършено от палачите на 29 октомври 1820 г.
Старецът Герман много скърби, защото враговете на Христовата църква лишиха християните от утехата да имат свети мощи на Христовия страдалец Тимотей и затова, искайки да купи поне окървавените му дрехи, той предложи на палачите значителна сума пари, за която получи това, което искаше. След това с този скъпоценен товар той отиде на Света гора. Минавайки покрай селото, където живееха дъщерите на св. Тимотей, Герман дойде при тях, съобщи им благата вест за мъченическата смърт на баща им и им даде част от дрехите на светеца. При пристигането си на Света гора братята от манастира Есфигмен посрещнаха мъченическите одежди с кръстно шествие, пренесоха ги с чест в църквата и ги поставиха в ковчега с одеждите на св. мъченик Агафангел.
След екзекуцията на св. Тимотей Христовите изповедници: Евтимий, Николай и Варнава били освободени от затвора и безчестно изгонени от града. По молитвите на св. преподобномъченик Тимотей, Христе Боже наш, удостои ни да получим вечна слава на небесата. амин